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VIGAT以视觉语言模型量化单细胞基因活性

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AI 综述

Ji B、Ji Z研究团队开发了视觉语言模型引导的单细胞ATAC-seq基因活性量化工具VIGAT;团队在预印本中报告,在196个配对单细胞RNA-seq与ATAC-seq数据集上,VIGAT恢复相应细胞群富集标志基因相关可及性信号的表现优于五种现有方法。 VIGAT通过自动解读ATAC覆盖度图,自适应量化基因活性,已作为开源R包在GitHub免费提供。

AI 根据报道生成 · 1 天前更新

报道时间线

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11月3日
  1. 预印本 · 单细胞与空间组学
    VIGAT 利用视觉语言模型引导单细胞 ATAC-seq 基因活性定量

    VIGAT 是一种视觉语言模型(VLM)引导的单细胞 ATAC-seq 基因活性定量工具,在 196 个配对单细胞 RNA-seq 与 ATAC-seq 数据集上,恢复相应细胞群中富集的标志基因相关可及性信号的表现优于五种现有方法。

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