Nature Methods方法与工具分析工具开发与验证
AmpliconSuite：分析癌症基因组局灶性扩增的端到端工作流
AmpliconSuite: an end-to-end workflow for analyzing focal amplifications in cancer genomes
提出 AmpliconSuite，从癌症全基因组测序中识别 ecDNA 等局灶性扩增模式。
文献解读
从数据分析和研究设计的角度读新论文：数据从哪来、流程怎么走、用了什么工具、哪里值得学。
Nucleic Acids Research方法与工具结构基准数据集与算法评测
用于含核糖基修饰核酸及核酸–蛋白质复合物建模的 MODNAP 基准集：以 AlphaFold 3 为例
The MODNAP benchmark set for modeling ribose-based modified nucleic acid and nucleic acid-protein complexes: a case study with AlphaFold 3.
构建 MODNAP 基准集，评估修饰核酸结构预测，并揭示 AlphaFold 3 的局部定位与几何有效性问题。
预印本实验研究小鼠疫苗免疫与抗体谱系研究
HIV-1糖链屏障的异源糖基化促进跨进化枝中和及多样化人抗体谱系的产生
Xenoglycosylation of the HIV-1 Glycan Shield Promotes Cross-Clade Neutralization and Diverse Human Antibody Lineages
在小鼠中，携带核心α(1,3)-岩藻糖的Env免疫原可诱导跨进化枝中和抗体应答。
Cell Metabolism方法与工具肿瘤代谢与治疗策略综述
靶向癌症 NAD 代谢的情境依赖性框架
A context-dependent framework for targeting NAD metabolism in cancer.
梳理癌症中 NAD 代谢重编程及其靶向策略，讨论治疗机会与临床应用障碍。
Nature Protocols方法与工具单细胞DNA甲基化测序实验方案
用于全基因组DNA甲基化谱分析的多重单细胞简化代表性亚硫酸氢盐测序
Multiplexed single-cell reduced representation bisulfite sequencing for genome-wide DNA methylation profiling.
提出Msc-RRBS实验方案，可并行分析数百个单细胞的DNA甲基化谱，研究细胞间异质性。
Immunity实验研究代谢筛选与细胞命运机制研究
乳酸脱氢酶A依赖的选择性mRNA翻译氧化还原调控决定单核细胞命运定向
Lactate dehydrogenase A-dependent redox control of selective mRNA translation directs monocyte fate commitment.
在细胞与体内实验中，LDHA依赖的氧化还原调控通过选择性HIF1α翻译促进单核细胞向NOS2+巨噬细胞分化。
预印本方法与工具空间转录组建模方法研究
空间转录组学中的生物学与技术性空间变异
Biological and technical spatial variation in spatial transcriptomics
提出 stipple，将空间可变捕获纳入突发式转录模型，以区分生物学变异与空间技术噪声。
预印本数据分析泛癌转录程序与预后关联研究
早期胚胎程序在癌症中广泛表达，其与生存的关联取决于胚胎发育阶段
Pervasive expression of early embryonic programs in cancer has stage-dependent survival impact
肿瘤的早期胚胎转录相似性与总生存期相关，关联方向因胚胎阶段及表达细胞群而异。
Nature Biotechnology方法与工具结构变异检测新方法与基准评测
跨测序技术的结构变异检测
Structural variant detection across sequencing technologies.
提出 HitSV，实现多种测序技术下碱基分辨率的结构变异重建与基因分型。
预印本数据分析多模态临床预测模型比较研究
预测 COPD 30 天再入院：经时间泄漏审计的 MIMIC-IV 队列显示，辅助模态较结构化 EHR 未带来可检测的区分度或校准度增益
Auxiliary modalities add no detectable discrimination or calibration over structured EHR for 30-day COPD readmission: evidence from a leakage-audited MIMIC-IV cohort
经时间泄漏校正与再校准，多模态融合预测 COPD 30 天再入院未优于单独结构化 EHR。
Cell数据分析小鼠运动多组学图谱研究
长期运动的多组学图谱
Multi-omics atlas of chronic exercise.
在小鼠中，长期运动引起组织、性别和昼夜时相特异的分子重塑，单核多组学揭示细胞类型特异变化。
Cell Reports Medicine临床研究设计随机双盲假刺激对照试验
靶向左侧膝下前扣带皮层的高电流经颅时间干涉刺激治疗重性抑郁障碍的安全性与疗效：一项随机、双盲、假刺激对照试验
Safety and efficacy of high-current tTIS targeting left sgACC for major depressive disorder: A randomized, double-blind, sham-controlled trial.
靶向左侧sgACC的15 mA tTIS较假刺激更能改善抑郁症状，治疗后及1个月随访均见效果。
预印本方法与工具单细胞甲基化偏倚校正与基准评测
减轻基因型驱动的偏倚可改善图谱规模的单细胞DNA甲基化分析
Mitigating genotype-driven bias improves atlas-scale single-cell DNA methylome profiling
提出屏蔽变异位点的策略，减轻单细胞DNA甲基化分析中的基因型混杂。
Cell Genomics方法与工具多机构变异检测基准评测
低等位基因频率嵌合突变的检测：基于细胞系混合物的多机构基准评测
Detecting low-allele-fraction mosaic mutations: A multi-institution benchmarking with cell-line mixtures.
建立细胞系混合物基准评测框架，为非癌组织低等位基因频率突变检测提供参考资源与最佳实践。
Cell实验研究细胞自组织与铁死亡机制研究
细胞自组织协调铁死亡传播
Cellular self-organization orchestrates ferroptosis propagation.
在细胞模型中，自组织形成的敏感性差异与脂质极化分布共同限制铁死亡的传播范围和方向。
预印本方法与工具转录组协调化基准评测
对多平台 B 细胞淋巴瘤整体转录组数据集的 2,234 种协调化尝试：ComBat 的跨批次预测质量更优
2,234 attempts to harmonize a multi-platform B-cell lymphoma bulk transcriptomic dataset: ComBat is superior by cross-batch prediction quality
比较 2,234 种转录组协调化方案，提出结合多类指标与跨批次测试选择方案的流程。
预印本临床研究设计诊断准确性系统综述与荟萃分析
深度学习预测胃癌微卫星不稳定性的诊断准确性：系统综述与荟萃分析
Diagnostic accuracy of deep learning for microsatellite instability prediction in gastric cancer: A systematic review and meta-analysis
深度学习预测胃癌微卫星不稳定性具有良好诊断准确性，但临床效用仍需前瞻性外部验证。
Science实验研究小鼠神经机制研究
基于抽象规则的灵活决策中的树突计算
Dendritic computation for abstract rule-based flexible decision-making.
在小鼠中，听觉皮层神经元树突与胞体分别偏重编码抽象规则和感觉刺激，树突抑制损害选择编码。
Science实验研究植物受体与抗真菌机制研究
一对壳聚糖受体赋予植物广谱抗真菌能力
A pair of chitosan receptors confer broad-spectrum fungal resistance.
在植物中，OsFID1-OsFID2复合物介导壳聚糖感知，OsFID1异位表达增强小麦和玉米抗真菌能力。
Cell实验研究铁死亡诱导剂开发与机制研究
线粒体靶向四氧杂环己烷启动脂质过氧化，驱动铁死亡与肿瘤抑制
Mitochondria-targeted tetraoxanes initiate lipid peroxidation to drive ferroptosis and tumor suppression.
在癌症模型中，线粒体靶向化合物 WMK-1/2 通过诱导铁死亡抑制肿瘤，并增强免疫检查点阻断剂的抗肿瘤作用。