预印本方法与工具空间转录组建模方法研究
空间转录组学中的生物学与技术性空间变异
Biological and technical spatial variation in spatial transcriptomics
提出 stipple，将空间可变捕获纳入突发式转录模型，以区分生物学变异与空间技术噪声。
文献解读
从数据分析和研究设计的角度读新论文：数据从哪来、流程怎么走、用了什么工具、哪里值得学。
预印本数据分析泛癌转录程序与预后关联研究
早期胚胎程序在癌症中广泛表达，其与生存的关联取决于胚胎发育阶段
Pervasive expression of early embryonic programs in cancer has stage-dependent survival impact
肿瘤的早期胚胎转录相似性与总生存期相关，关联方向因胚胎阶段及表达细胞群而异。
预印本方法与工具转录组协调化基准评测
对多平台 B 细胞淋巴瘤整体转录组数据集的 2,234 种协调化尝试：ComBat 的跨批次预测质量更优
2,234 attempts to harmonize a multi-platform B-cell lymphoma bulk transcriptomic dataset: ComBat is superior by cross-batch prediction quality
比较 2,234 种转录组协调化方案，提出结合多类指标与跨批次测试选择方案的流程。
Science Translational Medicine实验研究临床前研究与首次人体I期试验
用于阿尔茨海默病的口服小分子 TREM2 激动剂 VG-3927/SAR448851 的临床前及首次人体评价
Preclinical and first-in-human evaluation of VG-3927/SAR448851, an oral small-molecule TREM2 agonist for Alzheimer's disease.
VG-3927在细胞模型中减少炎症与神经元损伤标志物，首次人体试验支持其耐受性及靶点结合。
Med数据分析II期试验队列多组学分析
肿瘤DNA甲基化亚型与CFISH表达水平预测免疫化疗应答及总生存期
Tumor DNA methylation subtypes and expression levels of CFISH predict response and overall survival to immunochemotherapy.
食管癌中，肿瘤DNA甲基化亚型及单核细胞相关CFISH特征与免疫化疗后的总生存期相关。
Nucleic Acids Research方法与工具新算法开发与实验验证含方法全文
基于属性网络的排序方法（ANeR）识别M期保守的翻译指纹
Attribute Network-based Ranking (ANeR) identifies conserved translational fingerprints of M-phase.
提出ANeR，整合异质双条件组学数据排序候选转录本，识别细胞分裂的保守翻译程序及调控因子。
Nature Genetics数据分析单细胞与空间转录组研究
人胰腺导管腺癌的克隆异质性及其对肿瘤进展的影响
Clonal heterogeneity in human pancreatic ductal adenocarcinoma and its impact on tumor progression.
胰腺导管腺癌中，克隆多样性及MYC扩增与基底样转变、免疫反应程序减弱相关。
预印本实验研究小鼠类器官扰动与机制研究含方法全文
小鼠神经类器官扰动图谱解析大胶质细胞反应性并提出退变驱动因素
A perturbation atlas of mouse neural organoids resolves macroglial reactivity and nominates drivers of degeneration
在小鼠类器官中，单细胞扰动筛选提示gp130-STAT3信号驱动大胶质细胞反应性与感光细胞应激。
预印本方法与工具新算法与基准评测含方法全文
使用 NetMap 同时从头推断细胞类型与基因调控网络
Concurrent de novo inference of cell types and gene regulatory networks with NetMap
提出 NetMap，联合推断细胞级基因调控网络与细胞分群，减少对预先细胞注释的依赖。
Cancer Cell数据分析单细胞与空间多组学研究
空间组学解析神经母细胞瘤的肾上腺素能与间充质细胞状态
Spatial omics resolves adrenergic and mesenchymal cell states in neuroblastoma.
多组学识别神经母细胞瘤间充质肿瘤细胞，高间充质基因表达与较差的无事件生存和总生存相关。
Cell Systems数据分析单细胞转录组整合与模型评估
人类早期发育类囊胚模型的系统性转录组评估
Systematic transcriptomic evaluation of blastoid models of early human development.
整合人类囊胚单细胞转录组建立参考图谱，用于评估不同类囊胚模型的细胞谱系保真度。
Cell Genomics数据分析单细胞环境响应eQTL研究
疾病相关位点与常见环境暴露下的响应性 eQTL 具有共同特征
Disease-associated loci share properties with response eQTLs under common environmental exposures.
环境响应性eQTL与疾病风险位点具有相似调控特征，并与部分基线eQTL未能解释的疾病相关位点重合。
Nature Protocols方法与工具逆行示踪结合单细胞测序实验方案
Trace-n-Seq结合逆行荧光示踪、分选与单细胞测序，分析支配组织的外周神经元
Trace-n-Seq combines retrograde fluorescent tracing with sorting and single-cell sequencing of innervating peripheral neurons.
提出Trace-n-Seq，将逆行示踪、细胞分选与单细胞测序结合，解析特定组织的支配神经元。
Cell Genomics方法与工具跨物种单细胞特征提炼方法研究
通过物种间比较提炼骨髓细胞类型特异性转录特征
Concentrating cell-type-specific transcriptional signatures in bone marrow from interspecies comparisons.
提出结合细胞类型特异性与转录水平保守性的策略，提炼可跨物种识别细胞身份的特征基因。