Nature临床研究设计观察性纵向队列研究
心血管–肾脏–代谢综合征0至3期人群中累积TCBI暴露与新发卒中的关联
Association of cumulative TCBI exposure with incident stroke in cardiovascular kidney metabolic syndrome stages 0 to 3
CKM 0–3期中老年人中，较高累积TCBI及高水平两时间点TCBI模式与新发卒中相关。
文献解读
从数据分析和研究设计的角度读新论文：数据从哪来、流程怎么走、用了什么工具、哪里值得学。
Nucleic Acids Research方法与工具结构基准数据集与算法评测
用于含核糖基修饰核酸及核酸–蛋白质复合物建模的 MODNAP 基准集：以 AlphaFold 3 为例
The MODNAP benchmark set for modeling ribose-based modified nucleic acid and nucleic acid-protein complexes: a case study with AlphaFold 3.
构建 MODNAP 基准集，评估修饰核酸结构预测，并揭示 AlphaFold 3 的局部定位与几何有效性问题。
预印本数据分析泛癌转录程序与预后关联研究
早期胚胎程序在癌症中广泛表达，其与生存的关联取决于胚胎发育阶段
Pervasive expression of early embryonic programs in cancer has stage-dependent survival impact
肿瘤的早期胚胎转录相似性与总生存期相关，关联方向因胚胎阶段及表达细胞群而异。
预印本数据分析多模态临床预测模型比较研究
预测 COPD 30 天再入院：经时间泄漏审计的 MIMIC-IV 队列显示，辅助模态较结构化 EHR 未带来可检测的区分度或校准度增益
Auxiliary modalities add no detectable discrimination or calibration over structured EHR for 30-day COPD readmission: evidence from a leakage-audited MIMIC-IV cohort
经时间泄漏校正与再校准，多模态融合预测 COPD 30 天再入院未优于单独结构化 EHR。
Cell数据分析小鼠运动多组学图谱研究
长期运动的多组学图谱
Multi-omics atlas of chronic exercise.
在小鼠中，长期运动引起组织、性别和昼夜时相特异的分子重塑，单核多组学揭示细胞类型特异变化。
预印本临床研究设计诊断准确性系统综述与荟萃分析
深度学习预测胃癌微卫星不稳定性的诊断准确性：系统综述与荟萃分析
Diagnostic accuracy of deep learning for microsatellite instability prediction in gastric cancer: A systematic review and meta-analysis
深度学习预测胃癌微卫星不稳定性具有良好诊断准确性，但临床效用仍需前瞻性外部验证。
预印本方法与工具多数据集模型基准评测
跨数据集分布偏移下深度学习胸部X线分类器的校准、不确定性与数据效率：多数据集基准评测
Calibration, Uncertainty, and Data Efficiency of Deep Learning Chest Radiograph Classifiers Under Cross-Dataset Distribution Shift: A Multi-Dataset Benchmark
开展胸部X线分类器跨数据集基准评测，显示源数据校准不能稳定迁移，判别能力提升不保证概率可靠。
Cell Genomics方法与工具新抗原预测模型开发与验证
NeoBridge：基于生物物理学信息的胰腺癌新抗原优先级排序与克隆结构分析
NeoBridge: Biophysics-informed neoantigen prioritization and clonal architecture profiling in pancreatic cancer.
提出NeoBridge用于新抗原优先级排序，并在胰腺癌中分析新抗原负荷与生存的关联。
Cell Systems方法与工具数学建模方法综述
CAR T细胞从代码到临床：围绕当前转化研究目标构建建模方法框架
CAR T cells from code to clinic: Framing modeling approaches with current translational research goals.
提出围绕CAR T治疗转化挑战组织建模方法的框架，为模型指导的细胞治疗设计提供路线图。
Nature Methods方法与工具质谱数据资源与深度学习方法
MassNet：支持蛋白质组学可扩展深度学习的十亿级AI就绪质谱数据语料库
MassNet: billion-scale AI-ready mass spectral corpus empowering scalable deep learning in proteomics.
发布MassNet十亿级质谱语料库及标准化格式，并开发用于肽段从头测序的XuanjiNovo模型。
Nucleic Acids Research方法与工具新概率框架与基准评测含方法全文
RiboBA：适用于多种核糖体测序实验方案、稳健识别开放阅读框的偏倚感知概率框架
RiboBA: a bias-aware probabilistic framework for robust ORF identification across diverse ribosome profiling protocols.
提出RiboBA，通过建模实验方案偏倚，改善周期性减弱的核糖体测序数据中的非经典ORF识别。
Science Translational Medicine数据分析代谢组衰老建模与随访关联研究
基于集成学习的代谢组衰老与死亡时钟在18,476名个体中识别全生命周期的系统性衰老风险
Metabolomic aging and mortality clocks based on ensemble learning identify systemic aging risk across the human life span in 18,476 individuals.
代谢组年龄加速与健康恶化、慢性病发生及全因死亡风险升高相关。
Science Translational Medicine方法与工具抗微生物药物耐药性策略综述
可持续抗微生物药物耐药性干预的创新路线图
Innovative roadmaps for sustainable antimicrobial resistance interventions.
提出整合商业模式、发现平台、基因组监测与临床试验的路线图，推动可持续耐药性干预。
Med数据分析机器学习诊断模型与多中心验证
利用红细胞DNA特征早期检测胃癌：多中心验证研究
Early detection of gastric cancer using DNA features in red blood cells, with multicenter validation.
红细胞DNA特征分类器在多中心验证中检测胃癌的敏感度为83%-90%，I期为82%-89%。
预印本数据分析多队列外显子组聚类分析含方法全文
遗传数据衍生患者聚类的特征分析揭示炎症性肠病的遗传异质性
Characterisation of Genetically-Derived Patient Clusters Highlights Genetic Heterogeneity of Inflammatory Bowel Disease
3个IBD队列中，NOD信号通路基因聚类与疾病亚型、克罗恩病行为及手术史相关，主要关联来自NOD2。
预印本方法与工具概念瓶颈模型与基准评测
基于临床概念瓶颈模型的脑电图病理检测
EEG Pathology Detection via Clinical Concept Bottleneck Models
提出以临床脑电生物标志物为瓶颈的模型，并揭示预测准确率与概念保真度之间的权衡。
预印本方法与工具知识图谱整合策略基准评测含方法全文
理解知识图谱何时及如何为帕金森病、多发性硬化和慢性疼痛的电子健康记录临床预测增添价值
Understanding when and how knowledge graphs add value to EHR-based clinical prediction across Parkinson’s disease, multiple sclerosis, and chronic pain
比较知识图谱整合策略，发现队列子图可节省计算成本，但预测收益取决于疾病。
预印本方法与工具新算法与基准评测含方法全文
使用 NetMap 同时从头推断细胞类型与基因调控网络
Concurrent de novo inference of cell types and gene regulatory networks with NetMap
提出 NetMap，联合推断细胞级基因调控网络与细胞分群，减少对预先细胞注释的依赖。
Bioinformatics方法与工具分子生成方法与基准评测
结合口袋对比学习与构象融合，实现受体构象变化下稳健的结构条件化3D分子生成
Pocket contrastive learning and conformation fusion for robust structure-conditioned 3D molecular generation under receptor conformational variation.
提出结合口袋对比学习与参考构象特征融合的3D分子生成框架，提高受体构象变化下的稳健性。
Cell Systems方法与工具贝叶斯方法开发与基准评测
FLIGHTED：从含噪声的高通量实验数据推断适应度景观
FLIGHTED: Inferring fitness landscapes from noisy high-throughput experimental data.
提出 FLIGHTED，从含噪声的高通量实验构建概率性适应度景观，改善蛋白质适应度模型性能。