Nature实验研究网络药理学与代谢组学及细胞验证
人参皂苷调节髋关节置换术后纤溶平衡的网络药理学与代谢组学分析
Network pharmacology and metabolomics analysis of ginsenosides in fibrinolysis balance after hip arthroplasty
在细胞模型中，人参皂苷Rh7上调t-PA并下调PAI-1，提示其可能影响髋关节置换术后纤溶平衡。
文献解读
从数据分析和研究设计的角度读新论文：数据从哪来、流程怎么走、用了什么工具、哪里值得学。
Nature Methods方法与工具分析工具开发与验证
AmpliconSuite：分析癌症基因组局灶性扩增的端到端工作流
AmpliconSuite: an end-to-end workflow for analyzing focal amplifications in cancer genomes
提出 AmpliconSuite，从癌症全基因组测序中识别 ecDNA 等局灶性扩增模式。
Nucleic Acids Research方法与工具结构基准数据集与算法评测
用于含核糖基修饰核酸及核酸–蛋白质复合物建模的 MODNAP 基准集：以 AlphaFold 3 为例
The MODNAP benchmark set for modeling ribose-based modified nucleic acid and nucleic acid-protein complexes: a case study with AlphaFold 3.
构建 MODNAP 基准集，评估修饰核酸结构预测，并揭示 AlphaFold 3 的局部定位与几何有效性问题。
预印本数据分析多模态临床预测模型比较研究
预测 COPD 30 天再入院：经时间泄漏审计的 MIMIC-IV 队列显示，辅助模态较结构化 EHR 未带来可检测的区分度或校准度增益
Auxiliary modalities add no detectable discrimination or calibration over structured EHR for 30-day COPD readmission: evidence from a leakage-audited MIMIC-IV cohort
经时间泄漏校正与再校准，多模态融合预测 COPD 30 天再入院未优于单独结构化 EHR。
Cell数据分析结构变异全表型关联研究
基于467,152名UK Biobank参与者基因组的结构变异全表型关联图谱
A phenome-wide structural variant map from 467,152 UK Biobank genomes.
在467,152名参与者中，结构变异与多种健康表型及血浆蛋白水平相关。
Cell Genomics数据分析生物样本库遗传交互分析
表型尺度的选择对基于生物样本库的基因–环境交互作用检验至关重要
Choice of phenotype scale is critical in biobank-based G × E tests.
UK Biobank 分析显示，表型尺度选择可解释部分遗传评分与性别的交互作用。
Nucleic Acids Research方法与工具新概率框架与基准评测含方法全文
RiboBA：适用于多种核糖体测序实验方案、稳健识别开放阅读框的偏倚感知概率框架
RiboBA: a bias-aware probabilistic framework for robust ORF identification across diverse ribosome profiling protocols.
提出RiboBA，通过建模实验方案偏倚，改善周期性减弱的核糖体测序数据中的非经典ORF识别。
Nucleic Acids Research方法与工具新算法开发与实验验证含方法全文
基于属性网络的排序方法（ANeR）识别M期保守的翻译指纹
Attribute Network-based Ranking (ANeR) identifies conserved translational fingerprints of M-phase.
提出ANeR，整合异质双条件组学数据排序候选转录本，识别细胞分裂的保守翻译程序及调控因子。
预印本数据分析多队列外显子组聚类分析含方法全文
遗传数据衍生患者聚类的特征分析揭示炎症性肠病的遗传异质性
Characterisation of Genetically-Derived Patient Clusters Highlights Genetic Heterogeneity of Inflammatory Bowel Disease
3个IBD队列中，NOD信号通路基因聚类与疾病亚型、克罗恩病行为及手术史相关，主要关联来自NOD2。
预印本方法与工具知识图谱整合策略基准评测含方法全文
理解知识图谱何时及如何为帕金森病、多发性硬化和慢性疼痛的电子健康记录临床预测增添价值
Understanding when and how knowledge graphs add value to EHR-based clinical prediction across Parkinson’s disease, multiple sclerosis, and chronic pain
比较知识图谱整合策略，发现队列子图可节省计算成本，但预测收益取决于疾病。
Immunity数据分析跨队列单细胞整合分析
全球队列的单细胞分析勾勒免疫衰老的决定因素，并将GZMK+与GZMB+效应记忆T细胞比值与健康轨迹联系起来
Single-cell analyses of global cohorts outline determinants of immune aging and link the ratio of GZMK+ to GZMB+ Tem cells to health trajectories.
GZMK+/GZMB+效应记忆T细胞比值与健康及病理相关衰老轨迹相关。
Bioinformatics方法与工具分子生成方法与基准评测
结合口袋对比学习与构象融合，实现受体构象变化下稳健的结构条件化3D分子生成
Pocket contrastive learning and conformation fusion for robust structure-conditioned 3D molecular generation under receptor conformational variation.
提出结合口袋对比学习与参考构象特征融合的3D分子生成框架，提高受体构象变化下的稳健性。