空间转录组学中的生物学与技术性空间变异
Biological and technical spatial variation in spatial transcriptomics
提出 stipple,将空间可变捕获纳入突发式转录模型,以区分生物学变异与空间技术噪声。
从数据分析和研究设计的角度读新论文:数据从哪来、流程怎么走、用了什么工具、哪里值得学。
Biological and technical spatial variation in spatial transcriptomics
提出 stipple,将空间可变捕获纳入突发式转录模型,以区分生物学变异与空间技术噪声。
Quinolinic acid contributes to maladaptive kidney injury and acute kidney injury-to-chronic kidney disease transition.
在小鼠中,喹啉酸加重肾损伤,减少其生成通路通量可改善肾脏结局。
Near-infrared photochromic miniprotein enables photoacoustic molecular imaging of acute inflammation and intracellular antigens.
开发了微型光开关探针rsmiRFPnano,用于急性炎症与细胞内抗原的活体光声分子成像。
Clonal heterogeneity in human pancreatic ductal adenocarcinoma and its impact on tumor progression.
胰腺导管腺癌中,克隆多样性及MYC扩增与基底样转变、免疫反应程序减弱相关。
Spatial omics resolves adrenergic and mesenchymal cell states in neuroblastoma.
多组学识别神经母细胞瘤间充质肿瘤细胞,高间充质基因表达与较差的无事件生存和总生存相关。
Serval: a modular framework for decoding imaging based spatial transcriptomics data.
提出模块化解码框架 Serval 及 CoSiD 算法,支持跨平台基准评测并提高转录本检出。
STiLE: automated tissue microarray dearraying for spatial transcriptomics.
提出仅依赖细胞质心坐标的STiLE,自动将空间转录组组织微阵列中的细胞分配至各组织芯。
Tissue expansion mass spectrometry imaging (TEMI) for high-spatial-resolution multiomics molecular mapping.
提供TEMI实验方案,通过组织物理膨胀提升常规质谱成像分辨率,实现单张组织切片的多组学分子定位。