Nucleic Acids Research·· 2 天前AI 评分50
用于核糖型修饰核酸及核酸–蛋白质复合物建模的MODNAP基准集：以AlphaFold 3为例
The MODNAP benchmark set for modeling ribose-based modified nucleic acid and nucleic acid–protein complexes: a case study with AlphaFold 3
AI 导读
研究者构建MODNAP修饰核苷酸结构数据集，并用1039个核酸及核酸–蛋白质复合物结构评估AlphaFold 3。在RMSD阈值为2.5 Å时，成功率超过80%，但修饰核苷酸定位精度不一，对训练中未明确涵盖的结构精度下降。PoseBusters分析发现频繁的分子内有效性检验失败，主要源于非理想核糖环几何构型。
来源：Nucleic Acids Research · academic.oup.com