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实验研究Commun Biol · 细菌生境适应与毒力实验研究

金黄色葡萄球菌对活性氧的抵抗、抗生素耐受性及毒力依赖于其生境

Biotope-dependent resistance to reactive oxygen species, antibiotic tolerance, and virulence of Staphylococcus aureus.

一句话乳中培养的金黄色葡萄球菌更耐受活性氧和抗菌药物,并在幼虫感染模型中加速致死。

论文图表(7)

Fig. 1:这张图比较 S. aureus 在血清、乳和 BHI 中的生长、膜脂肪酸组成及膜流动性,显示其能够掺入环境提供的外源脂肪酸。血清和乳培养条件下的膜脂肪酸谱及膜流动性存在差异。
Fig. 1 这张图比较 S. aureus 在血清、乳和 BHI 中的生长、膜脂肪酸组成及膜流动性,显示其能够掺入环境提供的外源脂肪酸。血清和乳培养条件下的膜脂肪酸谱及膜流动性存在差异。

S. aureus 在血清或乳中的生长及外源 FA 掺入。a 通过在给定时间点将稀释液涂布于 BHI 琼脂上,测定成年牛血清、全乳和 BHI 液体培养基中的 CFUs,以评估 S. aureus JE2 的生长。数据表示三次独立实验的均值 ± SD。b 比较在血清、乳或 BHI 中生长的 JE2 (WT) 及其 ΔfabD FA 营养缺陷型衍生株的膜 FA 谱。在 BHI 中培养的 JE2 菌株(红色谱线)通过 FASII 合成 FAs,其 FA 谱以 ai15、其延长产物 (ai17, ai19) 及饱和直链 FAs (C16:0, C18:0, C20:0) 为主。相比之下,血清(绿色)或乳(蓝色)中的 JE2 FA 谱均富集了培养基提供的外源 FAs。FA 营养缺陷株 ΔfabD 的 FA 谱与其相应培养基的 FA 谱相似。峰高对应于样本中各 FA 的相对响应 (mV)。标出了主要 FAs;N = 3。c FA 种类以总量调整至 100% 后的比例呈现。所示为三次独立实验的平均值。各样本中每种 FA 的比例见补充表 1。d 使用 Laurdan 广义极化方法 (Laurdan GP) 评估在不同培养基中生长的 WT JE2 及其 ΔfabD 衍生株的膜流动性。Laurdan GP = (I440 − I490)/(I440 + I490),其中 I440 和 I490 分别为在 350 nm 激发时、440 和 490 nm 处的发射强度。图中显示各个数据点(n = 6 个生物学独立样本)及均值 ± SD。P 值通过单因素 ANOVA 确定 (***p < 0.0001; **p < 0.0008)。

图片来自 Commun Biol(Léguillier V, et al.),doi:10.1038/s42003-026-10771-2,按 CC BY 4.0 许可原样转载。

a折线图
JE2 在三种培养环境中的生长不可复现

横轴为时间(h),纵轴为 Log (CFU/mL);灰、绿、蓝线分别代表 BHI、血清和乳,数据为三次独立实验的均值 ± SD。血清组早期菌落数下降后回升,BHI 和乳组则较快上升。

清单中的 Supplementary data 未注明对应图号或生长数据,无法确认可直接绘图的数据文件。

b折线图
培养环境与菌株的脂肪酸谱比较不可复现

横轴为时间(min),峰高表示各 FA 的相对响应(mV),不同谱线对应培养基本身或相应条件下的 WT、ΔfabD 菌株。比较标注脂肪酸的峰可见,血清或乳培养的菌株谱线具有相应培养基的脂肪酸特征。

未提供可明确对应这些脂肪酸色谱曲线的时间与响应数据文件。

c堆叠柱状图
不同培养条件下膜脂肪酸组成不可复现

横轴按 JE2 和 ΔfabD 分组列出培养条件,纵轴为 FA 百分比,每根柱的总量为 100%。颜色区分不同 FA 及 Others,各色区段高度为三次独立实验的平均比例,可比较培养条件及菌株间的组成差异。

图注指向补充表 1,但文件清单未明确该表所在文件,不能确定可直接读取的组成数据表。

d柱状图
培养环境对膜流动性的影响不可复现

横轴为各菌株的培养条件,纵轴为 Laurdan GP;图中箭头表示数值越低,膜流动性越高。散点代表独立样本,柱和误差线为均值 ± SD(n = 6),括号标示组间比较,***p < 0.0001、**p < 0.0008;血清组的 GP 低于所比较的 BHI 或乳组。

补充文件说明未明确包含 Laurdan GP 各样本数值,无法确认对应的可绘图数据文件。

Fig. 2:不同培养环境下,S. aureus JE2 的细胞包膜形态、厚度及细胞大小存在差异。牛奶组包膜更厚,而血清组细胞更小。
Fig. 2 不同培养环境下,S. aureus JE2 的细胞包膜形态、厚度及细胞大小存在差异。牛奶组包膜更厚,而血清组细胞更小。

血清和牛奶调节 S. aureus 的细胞包膜。a 在牛奶和血清中培养至饱和的 JE2 细菌的代表性透射电子显微镜图像。同时展示在 BHI 中培养的细胞以供比较。箭头指示包膜厚度。上排图的比例尺为 500 nm。放大图展示了 3 种条件下 S. aureus 包膜形态的显著差异。b 在 BHI、成年牛血清或全脂牛奶中培养的 JE2 的细胞包膜厚度范围,以及 c 细胞大小,均使用 ImageJ 在显微图像横截面上测定。每个圆圈代表一个细胞的一次测量。各子图的箱线图展示直径分布的中位数(箱内粗线)和变异程度(箱体幅度)。误差线表示 SD。统计显著性通过单因素 ANOVA 确定(***p < 0.0001; *, p < 0.0160)。

图片来自 Commun Biol(Léguillier V, et al.),doi:10.1038/s42003-026-10771-2,按 CC BY 4.0 许可原样转载。

a显微/影像图片
不同培养条件下的细胞包膜超微结构不可复现

三列依次为 BHI、血清和牛奶培养条件,上排为透射电镜图,下排为虚线框区域的放大图。红色箭头指示包膜厚度;上排比例尺为 500 nm,放大图比例尺为 100 nm,可比较三组包膜的形态与厚度。

该子图为透射电子显微镜图像,不属于可通过表格数据在 R 中直接复现的统计图。

b散点图
三种培养条件下的细胞包膜厚度不可复现

横轴为 BHI、Milk 和 Serum,纵轴为包膜厚度(nm);灰色圆点、蓝色方块和绿色三角分别表示三组的单细胞测量值,误差线表示 SD。牛奶组厚度最高,血清组最低;括号标出组间比较,图注给出的显著性阈值为 ***p < 0.0001 和 *, p < 0.0160。

补充清单仅列出未说明内容的 Supplementary data 1–3,无法确定哪个文件包含本子图的单细胞厚度数据。

c散点图
三种培养条件下的细胞大小不可复现

横轴为 BHI、Milk 和 Serum,纵轴为细胞大小(μm);各符号表示单细胞测量值,误差线表示 SD。血清组细胞较小,与另外两组的比较均标为 ****;BHI 与牛奶组之间标为 ns,图注未说明 **** 的具体阈值。

补充文件说明未将任何数据表明确对应到本子图,无法确认单细胞大小测量值所在文件。

Fig. 3:血清和牛奶培养条件使 S. aureus 呈现不同的包膜性质,包括肽聚糖可及性、通透性、自溶敏感性、表面电荷和疏水性。相较血清组,牛奶组的肽聚糖可及性更低、自溶更少,表面负电荷较弱且疏水性更强。
Fig. 3 血清和牛奶培养条件使 S. aureus 呈现不同的包膜性质,包括肽聚糖可及性、通透性、自溶敏感性、表面电荷和疏水性。相较血清组,牛奶组的肽聚糖可及性更低、自溶更少,表面负电荷较弱且疏水性更强。

S. aureus 的物理特征受到血清和牛奶的差异性调节。在 BHI、成年牛血清或全脂牛奶中制备的 JE2,经洗涤并重悬于 PBS 后,用于评估包膜性质。a 使用外源性荧光探针 BODIPY™ FL-vancomycin (3 µg/mL) 测定肽聚糖的可及性。在 488 nm 处测量荧光,并使用 ImageJ 进行定量。图中表示每种条件下 3 次独立实验的 mean ± SD。b 通过 EtBr 扩散测定法37评估细菌通透性。对在 37 °C 下孵育的细菌进行 EtBr 处理并持续监测,EtBr 在进入细胞后发出荧光。在 60 min 内每隔 1 min 读取一次荧光(激发和发射波长分别为 530 和 600 nm)。数值表示 3 个生物学独立样本的均值。c 比较在时间 0 重悬于含 0.5% Triton X-100 的 PBS 中的细胞对自溶的敏感性。数据表示 n = 3 个生物学独立样本的 mean ± SD。d 通过电泳迁移率测量细胞表面电荷,电泳迁移率由悬浮于 PBS 中的细菌培养物的 zeta 电位确定。数据代表 5 次独立测定,每次测定有 3 个重复,并以 mean ± SD 表示。e 根据细菌在 PBS 与二甲苯溶剂之间的亲和性测定疏水性。通过测量混合前后水相中的 OD600,估计细菌黏附于液态烃的亲和性。结果显示生物学独立三重复的平均值和范围。P 值通过单因素 ANOVA 确定(****p < 0.00001; ***p < 0.0001; **p < 0.0008; *p = 0.0160)。f 基于上述物理特征,比较牛奶和血清感染条件下 S. aureus 包膜特性的示意性总结。源数据以 Supplementary Data 3 文件提供。

图片来自 Commun Biol(Léguillier V, et al.),doi:10.1038/s42003-026-10771-2,按 CC BY 4.0 许可原样转载。

a柱状图
不同培养条件下的肽聚糖可及性可直接复现

横轴为 BHI、Serum 和 Milk,纵轴为荧光强度;灰、绿、蓝色分别对应三组,柱形表示均值,误差线为 SD。血清组荧光高于另外两组,括号上的 **** 表示 p < 0.00001,提示其肽聚糖对探针的可及性更高。

图注明确说明源数据见 Supplementary Data 3,清单提供对应 Excel 文件,可用于重画定量统计图。(数据:42003_2026_10771_MOESM5_ESM.xlsx)

b折线图
EtBr 荧光反映细菌通透性变化可直接复现

横轴为时间(min),纵轴为 EtBr 荧光强度,灰色圆点、绿色方块和蓝色三角分别代表 BHI、Serum 和 Milk。曲线表示 3 个生物学独立样本的均值;BHI 组荧光随时间升高更明显,血清和牛奶组较低。

图注明确将源数据指向 Supplementary Data 3,对应 Excel 可用于绘制时间序列统计图。(数据:42003_2026_10771_MOESM5_ESM.xlsx)

c折线图
不同培养条件下的自溶敏感性可直接复现

横轴为时间(h),纵轴为 OD600 相对于初始值的百分比,灰、绿、蓝色分别代表 BHI、Serum 和 Milk,误差线为 SD。BHI 组下降最多,血清组部分下降,牛奶组接近初始水平,表明牛奶组对该自溶处理更不敏感。

Supplementary Data 3 被图注指定为源数据文件,可据其中数值重画自溶时间曲线。(数据:42003_2026_10771_MOESM5_ESM.xlsx)

d柱状图
不同培养条件下的细胞表面电荷可直接复现

横轴为三种培养条件,纵轴为电泳迁移率(mV),向下表示负电荷增加,柱形和误差线表示 mean ± SD。Milk 组数值较不负;BHI 与 Serum 的比较标为 ns,BHI 与 Milk 为 ***,Serum 与 Milk 为 *。

图注指定 Supplementary Data 3 为源数据,清单中的对应 Excel 可支持表面电荷统计图复现。(数据:42003_2026_10771_MOESM5_ESM.xlsx)

e柱状图
不同培养条件下的细菌疏水性可直接复现

横轴为三种培养条件,纵轴为水相中剩余 OD400 的百分比,向下的箭头表示疏水性增加。柱形及误差线表示生物学独立三重复的平均值和范围;Milk 组水相剩余比例最低,三组两两比较均标为 ****(p < 0.00001)。

图注明确提供 Supplementary Data 3 源数据,对应 Excel 可用于复现疏水性定量柱状图。(数据:42003_2026_10771_MOESM5_ESM.xlsx)

f示意图/流程图
血清与牛奶条件下包膜特性示意不可复现

左侧为 Serum,右侧为 Milk,示意比较细胞壁及膜结构。图例标示自溶素、负电荷、含不饱和或饱和 FA 的脂质、Vancomycin 和 Laurdan;两侧这些符号的分布用于概括包膜性质差异。

这是包膜结构与性质的概念示意图,不是可由表格数据直接重画的统计图。

R 复现 · Fig. 3a柱状图对比得分 96
Fig. 3a 的 R 复现图

结论:复现图忠实还原了Fig. 3a的柱状图与散点、三组荧光强度的大小顺序及大致分布、误差线和两处四星显著性标注,数据结论一致。

思路:从原始工作表中提取三组细菌的 Mean 荧光读数,整理成长表后绘制均值柱、SD 误差线及抖动散点,采用原图的灰、绿、蓝配色。两处显著性括号及 **** 为原图报告结果(p < 0.00001),并非本代码重新检验所得。工作表未明确标识三个独立实验,因此这里的均值和 SD 按可识别的单细菌读数计算,不能保证等同于图注所述的实验间均值和 SD。

数据:使用 42003_2026_10771_MOESM5_ESM.xlsx 的 Fig3a 工作表。Serum、Milk、BHI 的编号列分别为第 5、12、19 列,Mean 荧光强度分别为第 7、14、21 列;排除标题和非数值行,不将细菌编号直接视为独立实验编号。

R 代码
下载 .R
# 1. 加载包:读取 Excel、整理数据和绘图
library(readxl)
library(dplyr)
library(tidyr)
library(ggplot2)
set.seed(1)

# 2. 读取数据:保留原始布局,避免把标题或合并单元格当成列名
raw <- read_excel("input/42003_2026_10771_MOESM5_ESM.xlsx",
                  sheet = "Fig3a", col_names = FALSE)

# 3. 整理数据:三组并排,每组依次为编号、Area、Mean、Min、Max
# Mean 是单个细菌的平均荧光强度,不使用 Area 或 Max 替代
get_group <- function(id_col, mean_col, group_name) {
  tibble(
    condition = group_name,
    bacteria = suppressWarnings(as.numeric(as.character(raw[[id_col]]))),
    intensity = suppressWarnings(as.numeric(as.character(raw[[mean_col]])))
  ) %>%
    filter(is.finite(bacteria), is.finite(intensity))
}
dat <- bind_rows(
  get_group(19, 21, "BHI"),
  get_group(5, 7, "Serum"),
  get_group(12, 14, "Milk")
) %>%
  mutate(condition = factor(condition, levels = c("BHI", "Serum", "Milk")))
stopifnot(all(table(dat$condition) > 1))

# 按组计算可直接从工作表获得的均值和 SD
summ <- dat %>%
  group_by(condition) %>%
  summarise(n = n(), average = mean(intensity),
            SD = sd(intensity), .groups = "drop")
print(summ)

# 4. 统计说明:表中未明确标识三个独立实验,不能把每个细菌当成生物学重复
# 因此不进行可能造成伪重复的 ANOVA;括号星号仅转录原图的报告结果
# 原图两处 **** 均表示 p < 0.00001,不代表在这里重新计算得到的 P 值
upper <- max(c(dat$intensity, summ$average + summ$SD), na.rm = TRUE)
y1 <- max(79, upper + 3)
y2 <- y1 + 14
brackets <- tibble(x = c(1, 2), xend = c(2.05, 3), y = c(y1, y2))

# 5. 作图:柱形为均值,误差线为 SD,散点保留单细菌测量的分布
p <- ggplot(summ, aes(x = condition, y = average, fill = condition)) +
  geom_col(width = 0.62, colour = c("#666666", "#42984C", "#3520ED"),
           linewidth = 0.8, alpha = 0.85) +
  geom_point(data = dat, aes(x = condition, y = intensity),
             inherit.aes = FALSE, colour = "#777777", alpha = 0.65,
             size = 1.1, position = position_jitter(width = 0.13, height = 0)) +
  geom_errorbar(aes(ymin = average - SD, ymax = average + SD),
                width = 0.28, linewidth = 0.7) +
  geom_segment(data = brackets,
               aes(x = x, xend = xend, y = y, yend = y),
               inherit.aes = FALSE, linewidth = 0.7) +
  geom_segment(data = brackets,
               aes(x = x, xend = x, y = y, yend = y - 6),
               inherit.aes = FALSE, linewidth = 0.7) +
  geom_segment(data = brackets,
               aes(x = xend, xend = xend, y = y, yend = y - 6),
               inherit.aes = FALSE, linewidth = 0.7) +
  geom_text(data = brackets,
            aes(x = (x + xend)/2, y = y + 3, label = "****"),
            inherit.aes = FALSE, size = 5.5, fontface = "bold") +
  scale_fill_manual(values = c(BHI = "#808080", Serum = "#39AF65", Milk = "#4930F4")) +
  scale_y_continuous(breaks = seq(0, 80, 20),
                     expand = expansion(mult = c(0, 0))) +
  coord_cartesian(ylim = c(0, y2 + 9), clip = "off") +
  labs(x = NULL, y = "Fluorescence intensity (a.u.)", tag = "a") +
  theme_classic(base_size = 14) +
  theme(legend.position = "none",
        axis.text = element_text(colour = "black", face = "bold"),
        axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1),
        axis.title.y = element_text(face = "bold", margin = margin(r = 8)),
        axis.line = element_line(linewidth = 0.8),
        axis.ticks = element_line(linewidth = 0.8),
        plot.tag = element_text(size = 23, face = "bold"),
        plot.margin = margin(15, 15, 10, 10))

# 6. 保存:只导出目标子图
 ggsave("output.png", p, width = 4.5, height = 5.5, dpi = 200)

输入数据:42003_2026_10771_MOESM5_ESM.xlsx42003_2026_10771_MOESM5_ESM.xlsx,下载后放进 input/ 文件夹再运行。

用到的包:readxl、dplyr、tidyr、ggplot2

运行环境(sessionInfo)
R version 4.6.1 (2026-06-24)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu
Running under: Ubuntu 24.04.4 LTS

Matrix products: default
BLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.12.0 
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.12.0  LAPACK version 3.12.0

locale:
 [1] LC_CTYPE=C.UTF-8       LC_NUMERIC=C           LC_TIME=C.UTF-8        LC_COLLATE=C.UTF-8     LC_MONETARY=C.UTF-8   
 [6] LC_MESSAGES=C.UTF-8    LC_PAPER=C.UTF-8       LC_NAME=C              LC_ADDRESS=C           LC_TELEPHONE=C        
[11] LC_MEASUREMENT=C.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C   

time zone: Etc/UTC
tzcode source: system (glibc)

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] ggplot2_4.0.3  tidyr_1.3.2    dplyr_1.2.1    readxl_1.5.0.1

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] vctrs_0.7.3        cli_3.6.6          rlang_1.3.0        purrr_1.2.2        generics_0.1.4     textshaping_1.0.5 
 [7] S7_0.2.2           glue_1.8.1         ragg_1.5.2         scales_1.4.0       grid_4.6.1         cellranger_1.1.0  
[13] tibble_3.3.1       lifecycle_1.0.5    compiler_4.6.1     RColorBrewer_1.1-3 pkgconfig_2.0.3    systemfonts_1.3.2 
[19] farver_2.1.2       R6_2.6.1           tidyselect_1.2.1   utf8_1.2.6         pillar_1.11.1      magrittr_2.0.5    
[25] tools_4.6.1        withr_3.0.3        gtable_0.3.6      
R 复现 · Fig. 3b折线图对比得分 95
Fig. 3b 的 R 复现图

结论:复现图忠实还原了三组EtBr荧光随时间变化及BHI最高、Milk后期略高于Serum的主要结论,坐标、分组和误差线均基本一致。

思路:跳过工作表前两行标题,按时间及三种条件各三个重复手动命名,再转成长表计算逐时间点均值。用灰色空心圆、绿色空心方块和蓝色空心三角配合折线复现通透性曲线,坐标范围与原图一致。原图存在误差线但图注未说明其定义,此处采用重复间标准差,不添加显著性检验;同时修复了上次保存代码的语法错误。

数据:使用 42003_2026_10771_MOESM5_ESM.xlsx 的 Fig3b 工作表。第1列为时间(min),第2–4列为 BHI、第5–7列为 Serum、第8–10列为 Milk 的三个生物学重复,数值为 EtBr 荧光强度(a.u.);时间范围以文件实际记录为准。

与原图的差别:
  • 复现图部分时间点的均值和误差线长度与原图略有差异,例如约20–30分钟的BHI波动及Serum早期平台形状,但总体幅度接近。
R 代码
下载 .R
# 1. 加载包:读取 Excel、整理重复测量并绘图
library(readxl)
library(dplyr)
library(tidyr)
library(ggplot2)

# 2. 读取数据:前两行是标题与分组,跳过后手动命名
raw <- read_excel("input/42003_2026_10771_MOESM5_ESM.xlsx",
                  sheet = "Fig3b", skip = 2, col_names = FALSE)
raw <- raw[, 1:10]
names(raw) <- c("Time", paste0("BHI_", 1:3),
                paste0("Serum_", 1:3), paste0("Milk_", 1:3))

# 3. 整理数据:将九列荧光值转成长表,计算每个时间点的均值和 SD
long <- raw %>%
  mutate(across(everything(), as.numeric)) %>%
  pivot_longer(-Time, names_to = c("Group", "Replicate"),
               names_sep = "_", values_to = "Fluorescence") %>%
  filter(!is.na(Time), !is.na(Fluorescence)) %>%
  mutate(Group = factor(Group, levels = c("BHI", "Serum", "Milk")))
summary_data <- long %>%
  group_by(Time, Group) %>%
  summarise(Mean = mean(Fluorescence),
            SD = sd(Fluorescence), .groups = "drop")

# 4. 统计说明:b 图没有组间显著性检验,不添加 P 值
# 原图可见误差线,但图注未定义其类型;这里用三次重复的 SD 重建

# 5. 作图:每分钟的均值用线连接,空心符号区分培养条件
cols <- c(BHI = "#777777", Serum = "#54D52B", Milk = "#3014DD")
p <- ggplot(summary_data, aes(Time, Mean, color = Group, shape = Group)) +
  geom_errorbar(aes(ymin = Mean - SD, ymax = Mean + SD),
                color = "#333333", width = 1.5, linewidth = 0.35) +
  geom_line(linewidth = 0.65) +
  geom_point(size = 2.1, stroke = 0.8) +
  scale_color_manual(values = cols) +
  scale_shape_manual(values = c(BHI = 1, Serum = 0, Milk = 2)) +
  scale_x_continuous(breaks = c(0, 20, 40, 60),
                     minor_breaks = seq(0, 60, 4),
                     limits = c(0, 60),
                     expand = expansion(mult = c(0.01, 0.01))) +
  scale_y_continuous(breaks = seq(0, 5000, 1000),
                     expand = expansion(mult = c(0, 0))) +
  coord_cartesian(ylim = c(0, 5000)) +
  labs(title = "Permeability", tag = "b", x = "Time (min)",
       y = "Fluorescence (a.u.)", color = NULL, shape = NULL) +
  theme_classic(base_size = 14) +
  theme(axis.title = element_text(face = "bold", color = "black"),
        axis.text = element_text(color = "black"),
        axis.line = element_line(linewidth = 0.8),
        axis.ticks = element_line(linewidth = 0.7),
        axis.ticks.length = grid::unit(0.16, "cm"),
        plot.title = element_text(face = "bold", hjust = 0.5, size = 17),
        plot.tag = element_text(face = "bold", size = 22),
        legend.position = "top",
        legend.text = element_text(face = "bold"),
        legend.key.width = grid::unit(0.7, "cm"),
        legend.margin = margin(0, 0, 0, 0),
        plot.margin = margin(12, 15, 10, 12))

# 6. 保存:修正上次保存段的语法错误,仅输出 b 子图
 ggsave("output.png", p, width = 6, height = 5.2, dpi = 200)

输入数据:42003_2026_10771_MOESM5_ESM.xlsx42003_2026_10771_MOESM5_ESM.xlsx,下载后放进 input/ 文件夹再运行。

用到的包:readxl、dplyr、tidyr、ggplot2

运行环境(sessionInfo)
R version 4.6.1 (2026-06-24)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu
Running under: Ubuntu 24.04.4 LTS

Matrix products: default
BLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.12.0 
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.12.0  LAPACK version 3.12.0

locale:
 [1] LC_CTYPE=C.UTF-8       LC_NUMERIC=C           LC_TIME=C.UTF-8        LC_COLLATE=C.UTF-8     LC_MONETARY=C.UTF-8   
 [6] LC_MESSAGES=C.UTF-8    LC_PAPER=C.UTF-8       LC_NAME=C              LC_ADDRESS=C           LC_TELEPHONE=C        
[11] LC_MEASUREMENT=C.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C   

time zone: Etc/UTC
tzcode source: system (glibc)

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] ggplot2_4.0.3  tidyr_1.3.2    dplyr_1.2.1    readxl_1.5.0.1

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] vctrs_0.7.3        cli_3.6.6          rlang_1.3.0        purrr_1.2.2        generics_0.1.4     textshaping_1.0.5 
 [7] S7_0.2.2           glue_1.8.1         ragg_1.5.2         scales_1.4.0       grid_4.6.1         cellranger_1.1.0  
[13] tibble_3.3.1       lifecycle_1.0.5    compiler_4.6.1     RColorBrewer_1.1-3 pkgconfig_2.0.3    systemfonts_1.3.2 
[19] farver_2.1.2       R6_2.6.1           tidyselect_1.2.1   pillar_1.11.1      magrittr_2.0.5     tools_4.6.1       
[25] withr_3.0.3        gtable_0.3.6      
R 复现 · Fig. 3c折线图对比得分 98
Fig. 3c 的 R 复现图

结论:复现图忠实还原了Fig. 3c的时间序列、三组数据及误差线,准确呈现BHI组显著下降、Serum组中度下降而Milk组基本保持初始水平的自溶敏感性差异。

思路:跳过工作表的两行标题,读取 0–5 h 的数据,将三个培养条件各自的三个重复整理成长表。按时间和培养条件计算均值与标准差,用灰、绿、蓝色折线表示均值,叠加各重复的圆点、空心方框和空心三角形,以及 ± SD 误差线。坐标轴范围和刻度参照原图;该子图未指定统计检验,因此不额外添加显著性标记。

数据:使用 42003_2026_10771_MOESM5_ESM.xlsx 的 Fig3c 工作表,范围 A3:J8。A 列为时间(h),B–D、E–G、H–J 列分别为 BHI、Serum、Milk 的三个生物学重复;读数已为相对初始 OD600 的百分比,不再重复归一化。

R 代码
下载 .R
# 1. 加载包:读取 Excel,并整理和绘制数据
library(readxl)
library(dplyr)
library(tidyr)
library(ggplot2)

# 2. 读取数据:前两行是标题和分组,实际数据位于第 3–8 行
raw <- read_excel("input/42003_2026_10771_MOESM5_ESM.xlsx",
                  sheet = "Fig3c", range = "A3:J8", col_names = FALSE)
names(raw) <- c("time", paste0("BHI_", 1:3),
                paste0("Serum_", 1:3), paste0("Milk_", 1:3))

# 3. 整理数据:每个培养条件有 3 个生物学重复,数值已经是初始 OD 的百分比
long <- raw %>%
  mutate(across(everything(), as.numeric)) %>%
  pivot_longer(-time, names_to = c("condition", "replicate"),
               names_sep = "_", values_to = "percent") %>%
  mutate(condition = factor(condition, levels = c("BHI", "Serum", "Milk")))
summary_data <- long %>%
  group_by(time, condition) %>%
  summarise(mean = mean(percent), sd = sd(percent), .groups = "drop")

# 4. 统计说明:本子图显示均值 ± SD;图注未指定此子图的检验,不添加显著性标记

# 5. 作图:折线连接均值,叠加原始重复点和均值 ± SD 误差线
cols <- c(BHI = "#777777", Serum = "#4CD522", Milk = "#3824D9")
p <- ggplot(summary_data, aes(time, mean, colour = condition, group = condition)) +
  geom_line(linewidth = 1) +
  geom_errorbar(aes(ymin = mean - sd, ymax = mean + sd),
                width = 0.16, linewidth = 0.7, show.legend = FALSE) +
  geom_point(data = long,
             aes(x = time, y = percent, colour = condition, shape = condition),
             inherit.aes = FALSE, size = 2.4, stroke = 0.8, alpha = 0.65) +
  scale_colour_manual(values = cols) +
  scale_shape_manual(values = c(BHI = 16, Serum = 0, Milk = 2)) +
  scale_x_continuous(limits = c(0, 6), breaks = c(0, 2, 4, 6),
                     minor_breaks = NULL, expand = expansion(mult = 0)) +
  scale_y_continuous(limits = c(0, 150), breaks = c(0, 50, 100, 150),
                     expand = expansion(mult = 0)) +
  labs(x = "Time (h)",
       y = expression("% (OD"[600]*" / initial OD"[600]*")"),
       title = "Autolysis", tag = "c", colour = NULL, shape = NULL) +
  theme_classic(base_size = 15) +
  theme(axis.title = element_text(face = "bold", colour = "black"),
        axis.text = element_text(colour = "black"),
        axis.line = element_line(linewidth = 0.7),
        axis.ticks = element_line(linewidth = 0.7),
        plot.title = element_text(hjust = 0.5, face = "bold", margin = margin(b = 15)),
        plot.tag = element_text(face = "bold", size = 23),
        legend.position = "top",
        legend.text = element_text(face = "bold"),
        legend.key.width = grid::unit(0.7, "cm"),
        plot.margin = margin(12, 16, 10, 12))

# 6. 保存:仅输出目标子图,使用白色背景
 ggsave("output.png", p, width = 6.3, height = 4.8, dpi = 200, bg = "white")

输入数据:42003_2026_10771_MOESM5_ESM.xlsx42003_2026_10771_MOESM5_ESM.xlsx,下载后放进 input/ 文件夹再运行。

用到的包:readxl、dplyr、tidyr、ggplot2

运行环境(sessionInfo)
R version 4.6.1 (2026-06-24)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu
Running under: Ubuntu 24.04.4 LTS

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BLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.12.0 
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.12.0  LAPACK version 3.12.0

locale:
 [1] LC_CTYPE=C.UTF-8       LC_NUMERIC=C           LC_TIME=C.UTF-8        LC_COLLATE=C.UTF-8     LC_MONETARY=C.UTF-8   
 [6] LC_MESSAGES=C.UTF-8    LC_PAPER=C.UTF-8       LC_NAME=C              LC_ADDRESS=C           LC_TELEPHONE=C        
[11] LC_MEASUREMENT=C.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C   

time zone: Etc/UTC
tzcode source: system (glibc)

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] ggplot2_4.0.3  tidyr_1.3.2    dplyr_1.2.1    readxl_1.5.0.1

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] vctrs_0.7.3        cli_3.6.6          rlang_1.3.0        purrr_1.2.2        generics_0.1.4     textshaping_1.0.5 
 [7] S7_0.2.2           glue_1.8.1         ragg_1.5.2         scales_1.4.0       grid_4.6.1         cellranger_1.1.0  
[13] tibble_3.3.1       lifecycle_1.0.5    compiler_4.6.1     rematch_2.0.0      RColorBrewer_1.1-3 pkgconfig_2.0.3   
[19] systemfonts_1.3.2  farver_2.1.2       R6_2.6.1           tidyselect_1.2.1   pillar_1.11.1      magrittr_2.0.5    
[25] tools_4.6.1        withr_3.0.3        gtable_0.3.6      
Fig. 4:该图比较 JE2 在 BHI、血清和乳中培养后的蛋白质组,显示三种条件共享大量蛋白质,但脂肪酸合成、毒力和应激反应相关蛋白的丰度模式存在差异。图中 e、f 的功能标题与英文图注的对应顺序相反。
Fig. 4 该图比较 JE2 在 BHI、血清和乳中培养后的蛋白质组,显示三种条件共享大量蛋白质,但脂肪酸合成、毒力和应激反应相关蛋白的丰度模式存在差异。图中 e、f 的功能标题与英文图注的对应顺序相反。

在 BHI、血清和乳中培养的 S. aureus 的比较蛋白质组学。a 研究流程图。在三种条件(BHI、成年牛血清或全脂乳)下培养的细菌,各设五个独立重复,过夜培养后从琼脂平板收集,并进行蛋白质组学分析处理。使用 BioRender 创建。Vidic, J. (2026) https://BioRender.com/xnjr53d b 维恩图显示基于五个生物学重复在各条件下检测到的已鉴定蛋白质数量。完整数据见 Supplementary Data 1。c 火山图展示比较血清和乳培养条件下 JE2 表达蛋白水平的变化幅度(log2 fold change)和统计显著性(q-value)。水平虚线表示倍数变化阈值,垂直虚线表示统计显著性阈值(q-value = 0.05)。比较血清与乳培养条件时,红点表示显著上调的蛋白质,蓝点表示显著下调的蛋白质。血清与 BHI 以及乳与 BHI 的火山图比较见 Supplementary Fig. 6。与 d FASII 通路、e 应激反应和 f 毒力相关的显著差异蛋白质热图(Z-scored),比较在 BHI、血清和乳中培养的 JE2。表达水平色标显示在左侧。每种条件的全部五个样本均予以展示。颜色梯度图例的单位代表经缩放的 LFQ 强度,蓝色表示较低的蛋白质丰度,红色表示较高的蛋白质丰度。

图片来自 Commun Biol(Léguillier V, et al.),doi:10.1038/s42003-026-10771-2,按 CC BY 4.0 许可原样转载。

a示意图/流程图
三种培养条件的蛋白质组学流程不可复现

箭头表示 JE2 从 BHI-A 复苏后,分别进入 BHI、血清和乳的预培养、适应培养、收集及样本分析流程。每种条件设五个独立重复。

该子图为实验流程示意图,不是可由表格数据绘制的统计图。

b韦恩图/UpSet 图
三种条件下鉴定蛋白质的交集可直接复现

三个圆分别代表 BHI、Milk 和 Serum,交叠区域数字表示共享蛋白质数量,非交叠区域表示该条件特有的数量。三组共有 1085 个蛋白质,BHI、Milk 和 Serum 特有的分别为 34、41 和 44 个。

图注明确指出该子图完整数据见 Supplementary Data 1,可据蛋白质检出集合计算交集并绘图。(数据:42003_2026_10771_MOESM3_ESM.xlsx)

c火山图
血清与乳培养的蛋白质丰度差异不可复现

横轴为血清相对乳的 Log2 Enrichment,纵轴为 -Log10(p-value);红、蓝、灰点分别表示显著上调、显著下调和不显著的蛋白质。越靠两侧且越高的点差异越突出;图注以 q-value 描述显著性,且对水平、垂直阈值线的说明与图示轴向不一致。

清单未明确指出哪个文件包含该比较的倍数变化及显著性结果,不能确认直接绘图所需数据的位置。

d热图
FASII及磷脂相关蛋白丰度不可复现

行表示蛋白质,列表示样本,底部依次标出 Milk、BHI 和 Serum,每组五列。蓝色表示较低、红色表示较高的标准化 LFQ 强度,树状图展示聚类关系;可对比同一行在三组中的颜色。

未明确提供该热图对应的逐样本 LFQ 强度表,无法确认可直接复现的数据文件。

e热图
毒力相关蛋白丰度模式不可复现

图上标题为 Virulence,行表示蛋白质,列按 Milk、Serum 和 BHI 分组,每组五个样本。红色表示较高、蓝色表示较低的标准化 LFQ 强度,树状图展示聚类;该子图功能标题与图注中 e 的描述不一致。

清单未明确标出毒力相关蛋白的逐样本丰度数据所在文件。

f热图
应激反应相关蛋白丰度模式不可复现

图上标题为 Stress Response,行表示蛋白质,列按 Serum、Milk 和 BHI 分组,每组五个样本。红色表示较高、蓝色表示较低的标准化 LFQ 强度,可见多种蛋白在血清与乳组呈不同颜色模式;该子图功能标题与图注中 f 的描述不一致。

清单未明确标出应激反应相关蛋白的逐样本丰度数据所在文件。

Fig. 5:牛奶中生长的 JE2 呈现明显色素沉着,其色素提取物显示类胡萝卜素相关吸收峰。脱脂后菌落颜色变浅,补充牛奶脂肪后颜色增强,支持牛奶脂质促进色素沉着。
Fig. 5 牛奶中生长的 JE2 呈现明显色素沉着,其色素提取物显示类胡萝卜素相关吸收峰。脱脂后菌落颜色变浅,补充牛奶脂肪后颜色增强,支持牛奶脂质促进色素沉着。

牛奶中生长的 S. aureus 表现出明显的色素沉着,且牛奶脂质可促进这一现象。a 在成年牛血清、全脂牛奶和 BHI 中培养 JE2,在生长 24 h 和 48 h 后收集细胞沉淀,评估色素沉着。收集来自 2 mL 液体培养物的细胞沉淀,洗涤并拍照。b 从细胞中提取色素,并通过紫外-可见光谱法进行评估。三重峰源于类胡萝卜素金黄色葡萄球菌色素、4,4′-diaponeurosporene 和 4,4′-diapolycopene 的存在,分别位于 ~412 nm、435 nm 和 465 nm。该测定结果代表 3 次实验。c 将在 BHI 中制备的独立 JE2 培养物洗涤,并在 0.9% NaCl 中调整至 OD600 为 0.025。每份培养物取 5 µL,点种于添加了 40% 全脂牛奶、脱脂牛奶或补充了 4% 牛奶奶油的脱脂牛奶的 1.5% 无营养琼脂上。48 h 后对平板拍照。

图片来自 Commun Biol(Léguillier V, et al.),doi:10.1038/s42003-026-10771-2,按 CC BY 4.0 许可原样转载。

a显微/影像图片
不同培养条件下的细胞沉淀颜色不可复现

三列分别为 BHI、血清和牛奶培养条件,两行分别为 24 h 和 48 h 的细胞沉淀照片,比例尺为 5 mm。比较各组沉淀颜色,牛奶组尤其在 48 h 呈明显橙黄色。

该子图为细胞沉淀实物照片,不能通过读取表格数据复现。

b折线图
不同培养条件下色素的吸收光谱不可复现

横坐标为波长(nm),纵坐标为吸光度(a.u.);灰色、绿色和蓝色曲线分别代表 BHI、血清和牛奶组。重点比较各组光谱形状及类胡萝卜素相关峰区,牛奶组在该区域有明显吸收,血清组较低;图中未显示误差线,该测定代表 3 次实验。

补充文件仅标为 Supplementary data,未说明哪个文件含本图的波长与吸光度数据,无法确定数据来源。

c显微/影像图片
牛奶脂肪对 JE2 色素沉着的影响不可复现

从左至右为全脂牛奶、脱脂牛奶及脱脂牛奶补充 4% 脂肪条件下培养 48 h 的 JE2 点种照片,比例尺为 1 cm。比较菌落黄色深浅:脱脂牛奶组颜色较浅,全脂牛奶组和补脂组黄色更明显。

该子图为平板菌落照片,不属于可用表格数据直接绘制的统计图。

Fig. 6:乳中培养的 S. aureus 在氧化应激后具有更高的存活比例,且对所测抗生素的 MIC 高于血清培养条件。图中同时展示了 crtM、katA 突变体的氧化应激存活情况,以及 crtM 突变体的抗生素 MIC。
Fig. 6 乳中培养的 S. aureus 在氧化应激后具有更高的存活比例,且对所测抗生素的 MIC 高于血清培养条件。图中同时展示了 crtM、katA 突变体的氧化应激存活情况,以及 crtM 突变体的抗生素 MIC。

乳中培养的 S. aureus 对 ROS 和抗生素的耐受性增强,而 crtM 或 katA 突变体的耐受性降低。在成年牛血清或全乳条件下制备的 JE2 WT 和突变体培养物经洗涤后重悬于生理盐水中。a WT JE2 和 b crtM 转座子突变体77细菌不经处理或暴露于单线态氧,随后进行系列稀释,点种于 BHI 琼脂上并培养过夜,以确定存活情况。注意 a 和 b 的对数图刻度不同。实验至少重复三次。对于 JE2(a),取一份血清培养的细菌暴露于乳中 1 h,随后洗涤,再进行单线态氧处理(右侧)。其持续的高敏感性使我们能够排除乳结合细菌的非特异性影响。c 比较乳中与血清中培养的 WT JE2(补充图 11)和 katA 转座子突变体77对 H2O2 的敏感性。a–c 的结果代表至少 3 次独立实验。上部展示代表性实验的结果。注意,同一图像内的所有泳道均来自同时进行的实验,其中使用不同平板进行测定。下部图中的误差线为 SD。P 值通过普通单因素 ANOVA 确定(***p < 0.0002; **p < 0.0029; *p = 0.0422; ns,无显著性)。d MIC,24 h 后不同抗生素的最低抑菌浓度 a。在所示培养基中制备的饱和细菌培养物用相应培养基稀释并分装于 96 孔板。细菌暴露于按 2 倍梯度稀释的抗生素,浓度范围为 8 至 0.125 µg/mL(万古霉素)、0.5–0.0075 µg/mL(乳酸链球菌素)和(环丙沙星)。乳中细菌的存活情况通过稀释后点种于 BHI 琼脂上计算。结果报告为 3 次独立实验的均值。

图片来自 Commun Biol(Léguillier V, et al.),doi:10.1038/s42003-026-10771-2,按 CC BY 4.0 许可原样转载。

a柱状图
JE2 对单线态氧的耐受性不可复现

上部为逐级 10 倍稀释后的菌落点种图,下部横轴区分血清培养、血清培养后短暂接触乳和乳培养,纵轴为对数刻度的存活细胞比例。乳培养组存活比例最高,短暂接触乳未产生相同保护;误差线为 SD,** 表示 p < 0.0029,ns 表示无显著性。

包含菌落图像,且补充文件清单未明确指出下方统计图对应的数据表。

b柱状图
crtM 突变体对单线态氧的耐受性不可复现

上部比较乳和血清培养细菌在单线态氧处理前后的稀释点种结果;下部横轴为培养条件,纵轴为对数刻度的存活细胞比例,注意其刻度与 a 不同。乳培养组存活比例较高,误差线为 SD,* 表示 p = 0.0422。

包含菌落图像,且无法从补充文件说明定位其存活比例数据。

c柱状图
katA 突变体对 H2O2 的耐受性不可复现

上部为乳和血清培养的 katA 突变体在 H2O2 处理前后的逐级稀释点种结果;下部横轴为培养条件,纵轴为对数刻度的存活细胞比例。乳培养组存活比例较高,误差线为 SD,*** 表示 p < 0.0002。

包含菌落图像,且清单未明确提供该子图统计值所在的数据文件。

d表格
不同培养条件下的抗生素 MIC不可复现

列为 BHI、血清和乳三种培养条件,行按 JE2 与 crtM 突变体分别列出三种抗生素,数值单位为 mg/L。乳培养条件下各药 MIC 均高于血清条件;JE2 的乳酸链球菌素 MIC 标为 >64,表示超过所示界值。

虽可从图片人工录入表格,但补充文件清单未明确哪份数据文件包含该表数据。

Fig. 7:这张图比较不同培养环境下 S. aureus 对大蜡螟幼虫的致死能力。牛奶培养组在感染早期的幼虫存活率最低,PBS 对照组在 72 小时内无死亡。
Fig. 7 这张图比较不同培养环境下 S. aureus 对大蜡螟幼虫的致死能力。牛奶培养组在感染早期的幼虫存活率最低,PBS 对照组在 72 小时内无死亡。

S. aureus 的环境来源影响感染效能。使用 G. mellonella 感染模型,比较了在成年牛血清、全脂牛奶或 BHI 中培养的 S. aureus 的感染能力。使用 BioRender 创建。Vidic, J. (2026) https://BioRender.com/b5jturg a 体内感染实验示意图。用来自这 3 种条件的 106 CFUs S. aureus JE2 感染幼虫。实验对照组接受 PBS。通过黑化评估幼虫死亡情况。不同长度的箭头表示拍摄处理后幼虫照片的时间点。用牛奶中培养的 S. aureus 攻击后仅 24 h 就观察到高死亡率(幼虫颜色由乳白色变为深灰色),而对照实验中即使在 72 h 后也未观察到死亡。b 在 24 h、48 h 和 72 h 后计数存活幼虫(n = 20 larvae/group;3 次独立实验);PBS 处理的幼虫未出现死亡。采用 Kaplan-Meier 方法分析数据,合并生物学独立三重复的数值(每种条件 60 个样本)。使用 log-rank (Mantel-Cox) 检验比较生存曲线。标出了 3 组之间的显著性:***p < 0.001;*p > 0.05;ns:无统计学显著性。

图片来自 Commun Biol(Léguillier V, et al.),doi:10.1038/s42003-026-10771-2,按 CC BY 4.0 许可原样转载。

a示意图/流程图
不同培养条件细菌感染幼虫的实验流程不可复现

从左到右依次展示牛奶、血清或 BHI 培养的细菌以及 PBS 对照注射幼虫后的结果,照片中幼虫黑化用于判断死亡。箭头长度表示拍照时间,牛奶组在 24 h 已出现明显黑化,而 PBS 对照在 72 h 仍未见死亡。

该子图为实验流程示意图并包含幼虫照片,不属于可用表格数据直接重绘的统计图。

b生存曲线
不同培养条件下感染后的幼虫生存曲线不可复现

横轴为感染后时间,纵轴为幼虫存活百分比;灰色、绿色、蓝色分别代表 BHI、血清和牛奶培养组,黑色虚线为对照。牛奶组在 24 h 的存活率最低,对照始终为 100%;组间比较采用 log-rank (Mantel-Cox) 检验,图注将标记定义为 ***p < 0.001、*p > 0.05 和 ns(无统计学显著性)。

补充文件清单仅列出泛称的 Supplementary data,未说明哪个文件包含该图的生存时间或存活计数数据,无法确定数据位置。

研究问题

乳与血清这2种感染相关生境是否会改变金黄色葡萄球菌的包膜、脂质和蛋白质组特征,以及抗氧化能力、抗菌药物耐受性和毒力?乳脂及色素生成在其中起什么作用?

数据与样本

研究使用金黄色葡萄球菌菌株,包括USA300-JE2及其∆fabD突变株,在BHI、成年牛血清及乳相关培养条件下开展实验。JE2的BHI、血清和乳培养组各制备5个独立重复用于蛋白质组学分析,采用nanoLC-MS/MS;另使用大蜡螟(G. mellonella)感染模型评估毒力。

实验流程

  1. 1建立生境对照:将细菌适应培养于血清或乳,再在对应固体培养基上培养,收集并洗涤后用于检测,同时设置BHI培养条件。
  2. 2构建遗传材料:利用pMad载体和同源重组构建USA300-JE2的fabD缺失突变株,通过菌落PCR和DNA测序确认。
  3. 3刻画包膜与膜脂:测定脂肪酸谱、Laurdan广义极化、包膜厚度、万古霉素结合、通透性、自溶、电泳迁移率及表面疏水性。
  4. 4比较蛋白质组:对BHI、血清及乳培养的JE2各取5个独立重复,进行蛋白提取、消化及nanoLC-MS/MS分析。
  5. 5评估色素与胁迫表型:通过光谱法定量金黄色葡萄球菌色素,并检测ROS敏感性及抗生素相关表型,比较乳脂条件下的变化。
  6. 6验证毒力表型:在大蜡螟幼虫感染模型中比较不同培养条件下细菌的致死表现。

关键方法与工具

Gibson
组装fabD缺失构建载体
TotalChrom
分析脂肪酸气相色谱数据
Laurdan generalized polarization (GP)
测定细菌膜流动性
Transmission electron microscopy (TEM)
观察细菌包膜结构
ImageJ
定量包膜厚度与细胞染色
ANOVA
比较包膜厚度
nanoLC-MS/MS
进行蛋白质组检测
G. mellonella virulence assay
评估幼虫感染毒力

设计思路

以乳与血清培养构成核心生境对照,并加入BHI条件,通过洗涤减少残留培养基对后续检测的影响;脂肪酸检测前专门去除可能黏附于菌体的培养基脂质。结合全脂乳、脱脂乳及补加乳脂条件,将生境差异进一步拆解至脂质因素,再以包膜、膜脂、蛋白质组、色素、胁迫耐受及幼虫毒力形成多层证据链。

主要发现

  • 乳与血清培养的金黄色葡萄球菌在包膜物理性质、膜脂肪酸组成和刚性、色素生成及蛋白质组谱方面存在明显差异。
  • 与血清培养相比,乳培养的金黄色葡萄球菌对ROS损伤表现出极强抵抗力,并具有显著的抗菌药物耐受性。
  • 乳培养的金黄色葡萄球菌在幼虫感染模型中加速致死。
  • 乳脂刺激全脂乳中金黄色葡萄球菌的高水平色素生成,而高水平色素是其高度抵抗ROS的原因。

可借鉴之处

  • 研究感染相关细菌表型时,可借鉴本文将乳与血清作为培养环境对照的做法,检验生境是否改变标准培养条件下观察到的耐受与毒力。
  • 分析细菌膜脂时,可借鉴本文在提取前专门清除黏附的外源脂质,减少将培养基成分误判为菌体脂质的可能。
  • 可借鉴全脂乳、脱脂乳与补加乳脂的条件拆解思路,将复杂生境差异定位到具体组分,并结合分子检测与感染模型验证。

数据与代码

质谱蛋白质组数据存于ProteomeXchange的PRIDE库(PXD064173),图表源数据见Supplementary Data 1–3,携带pMad-plsX-∆fabD-fabG的菌株可向作者合理申请用于研究。

公共数据库
表格类补充数据(复现用得上)
其他补充文件(6 个)

局限

  • 毒力证据来自幼虫感染模型,不能直接等同于人类或家畜乳腺炎中的致病表现。
  • 研究主要基于体外培养与实验感染,调整临床抗生素方案的提示尚非患者治疗研究的直接证据。

摘要(中文翻译)

金黄色葡萄球菌是人类和家畜的病原体,因抗生素治疗失败而构成重大临床挑战。其顽强生存能力主要归因于抗生素耐药性以及与持留现象有关的耐受机制。本研究考察了乳和血清这2种与感染相关的条件如何塑造金黄色葡萄球菌的致病特性及其抵御环境胁迫的能力。在乳与血清中培养的细菌,其细胞包膜物理性质、膜脂肪酸组成和刚性以及色素生成存在明显差异,并呈现不同的蛋白质组谱。与在血清中培养相比,在乳中培养的金黄色葡萄球菌对活性氧(ROS)损伤表现出极强的抵抗力、显著的抗菌药物耐受性,并在幼虫感染模型中加速致死。全脂乳中的乳脂可刺激金黄色葡萄球菌产生高水平色素,而这种高水平色素是其高度抵抗ROS的原因。金黄色葡萄球菌在乳生境中表现出的显著稳健性,可能提示治疗人类和家畜乳腺炎感染时需要调整抗生素方案。

英文原文摘要

The human and livestock pathogen Staphylococcus aureus poses a major clinical challenge due to antibiotic treatment failure. Its resilience is mainly attributed to antibiotic resistance and tolerance mechanisms related to persistence. Here we investigate how two infection-relevant conditions, milk and serum, shape S. aureus pathogenic properties and capacity to withstand environmental stresses. Milk- versus serum-grown bacteria show gross differences in envelope physical properties, membrane fatty acid composition and rigidity, and pigment production, and display distinct proteomic profiles. Compared to growth in serum, S. aureus grown in milk exhibits extreme resistance to ROS damage, marked antimicrobial tolerance, and accelerated killing in a larval infection model. High level S. aureus pigmentation in whole milk is stimulated by milk lipids, and is responsible for high ROS resistance. The remarkable robustness of S. aureus in a milk biotope may signal the need to adjust antibiotic regimens when treating mastitis infections in humans and livestock.

摘要来自 PubMed。翻译与解读由模型根据摘要和开放获取全文的方法部分生成,可能有误,不构成诊疗建议;数据以原文为准,版权归原出版方所有。