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单细胞基础模型评测:跨物种注释占优

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AI 综述

Cupaioli FA、Merelli I研究团队比较五种单细胞基础模型及其他模型、简单基线,并发布fmaudit评测工具包;预印本结果显示,基础模型的优势主要体现在跨物种细胞类型注释,同物种注释表现则与主成分基线相近。 在人到小鼠肺的标签迁移任务中,Nicheformer准确率为0.98,Geneformer V2和scFoundation约为0.90,最佳基线为0.68。评测还涵盖扰动预测和基因调控网络推断;fmaudit包含基准、基线、流程检查及同基因背景参考任务,供后续模型评估使用。

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11月4日
  1. 预印本 · 单细胞与空间组学
    单细胞基础模型基准评测:跨物种注释显优势,同物种注释与主成分基线相近

    一项比较五种单细胞基础模型、CellOracle、监督式扰动模型及简单基线的预印本显示,基础模型的优势主要体现在跨物种细胞类型注释。人到小鼠肺的标签迁移中,Nicheformer准确率达0.98,Geneformer V2和scFoundation约为0.90,最佳基线为0.68;同物种内,基础模型嵌入的注释准确性与主成分相近。

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