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研究团队提出ARCADE,区分空间转录组细胞丰度与状态

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AI 综述

Su Q.及研究团队在预印本中提出空间转录组分析框架ARCADE,用于分离细胞丰度与连续转录状态;研究报告,该框架在模拟及半合成基准测试中提高了解卷积准确性和状态推断稳定性。 ARCADE先构建稳健的单细胞参考,再估计细胞类型组成,并建模各类型内部的转录程序。在配对的人背外侧前额叶皮层数据中,该框架区分了局部细胞富集与星形胶质细胞、小胶质细胞的活化程序。

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报道时间线

沿着报道,了解事件的不同侧面。

11月3日
  1. 预印本 · 单细胞与空间组学
    ARCADE在空间转录组学中解耦细胞丰度与连续转录状态

    ARCADE计算框架将空间转录组中的细胞丰度与连续转录状态解耦,在模拟及半合成基准测试中提高了解卷积准确性和状态推断稳定性。该框架先构建稳健的单细胞参考,再估计细胞类型组成并建模类型内转录程序。在配对的人背外侧前额叶皮层数据中,ARCADE区分了局部细胞富集与星形胶质细胞、小胶质细胞的活化程序。

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还没有足够的连续观测数据,暂不绘制趋势。