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GOLDEN结合表达与等位基因信息解析空间遗传异质性

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AI 综述

Paik H.及研究团队开发了GOLDEN工具,将基因表达与等位基因信息结合,用于识别空间转录组各位点的目标、非目标或混合身份,并估计目标细胞比例;预印本报告,该工具在合成数据中取得较高的比例估计准确度。 GOLDEN采用等位基因感知的多任务网络。在基于半同种异体单细胞表达谱构建、具有位点级真值的合成空间转录组数据中,比例估计的Pearson相关系数为0.977,平均绝对误差为0.045。研究团队称,该工具在真实空间转录组数据中的预测表现一致,并获得遗传学验证。

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10月20日
  1. 预印本 · 单细胞与空间组学
    GOLDEN结合基因表达与等位基因信息,解析空间转录组中的遗传异质性

    研究团队开发GOLDEN,结合基因表达与等位基因信息,识别空间转录组各位点的目标、非目标或混合身份,并估计目标细胞比例。该方法采用等位基因感知的多任务网络,在基于半同种异体单细胞表达谱构建、具有位点级真值的合成数据中,比例估计达到Pearson's r = 0.977,平均绝对误差(MAE)= 0.045;在真实空间转录组数据中的预测表现一致,并获得遗传学验证。

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