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预印本 · 单细胞与空间组学· Lin Z, zhang z, Huang N, Lu Z, Xu S.·· 2 天前AI 评分43

Spatialsnake:适用于跨平台空间转录组分析的灵活工作流

Spatialsnake: a flexible workflow for spatial transcriptomics analysis across platforms

AI 导读

Spatialsnake基于SpatialData和Snakemake构建,为测序和成像平台的空间转录组数据提供统一分析工作流。它支持单样本与多样本分析,可选择细胞群、组织区域或基于距离的邻域重新聚类和注释,并将细化标签映射回完整数据集。研究以小鼠脑和结直肠癌数据展示了这些功能。

来源:预印本 · 单细胞与空间组学 · doi.org