肺组织空间图谱揭示重症COVID-19肺损伤与纤维化的细胞机制
IR Sant Pau参与的研究绘制了致死性COVID-19肺组织空间图谱，发现肺损伤进展伴随细胞组成及通讯重塑。研究发表于Nature Communications，分析19例死者肺组织，发现增生性弥漫性肺泡损伤中SMAD3活性升高、SMAD7活性降低，与促纤维化信号相关；肺泡上皮再生程序仍活跃，但可能不完整。
#空间组学
Medical XpressAI 评分4545
预印本 · 单细胞与空间组学AI 评分3939 Alpha Spatial：语言引导的基于组织学图像的单细胞空间基因表达预测
Alpha Spatial通过语言引导，从组织学图像预测细胞级基因表达，表现优于所评估方法。匹配的生物学背景与多组织联合学习改善预测；在乳腺癌中，该框架重现了POSTN相关基质程序及HER2相关分子与空间差异。探索性患者分析显示，CXCL14相关空间状态的丰度与含曲妥珠单抗（trastuzumab）治疗无应答及更大残余浸润性肿瘤相关。
预印本 · 单细胞与空间组学AI 评分4444 空间转录组学中的生物学与技术性空间变异
研究者开发了纳入爆发式转录模型的空间可变捕获模型，用于区分空间转录组学中的生物学变异与空间变化的技术噪声。该方法已实现为程序 stipple，演示结果表明其可用于识别和解释空间转录组学检测中的基因表达空间变异。
Nature GeneticsAI 评分3434 人胰腺导管腺癌的克隆异质性及其对肿瘤进展的影响
研究利用胰腺导管腺癌肿瘤的单细胞RNA测序和空间转录组学，探究肿瘤异质性与克隆演化，为研究这一侵袭性癌症提供资源。研究在线发表于Nature Genetics，正文未提供具体样本量或主要结果。
预印本 · 单细胞与空间组学AI 评分3535 脉络丛整合多组学图谱揭示上皮功能的保守分子程序
研究整合小鼠和人类的八个单细胞或单核RNA测序数据集，构建跨物种脉络丛图谱，识别出涉及离子转运、屏障功能、纤毛发生及分泌信号的保守上皮基因程序。小鼠第四脑室脉络丛Visium HD空间转录组图谱验证了上皮模块；跨组织分析发现，脉络丛与视网膜色素上皮存在显著转录重叠。
Genome MedicineAI 评分3939 衰老癌相关成纤维细胞分泌Tenascin-C促进高级别浆液性卵巢癌进展
体内外功能实验表明，衰老癌相关成纤维细胞分泌Tenascin-C（TNC），促进高级别浆液性卵巢癌进展。TNC通过激活肿瘤细胞SDC4-ERK信号诱导上皮间质转化，其表达受成纤维细胞内NF-κB调控。单细胞与空间转录组及临床样本分析构建的衰老成纤维细胞风险模型可预测不良生存结局。
Cancer CellAI 评分4242 空间组学解析神经母细胞瘤的肾上腺素能与间充质细胞状态
Patel等在54例神经母细胞瘤肿瘤中识别出间充质（MES）肿瘤细胞，并发现较高MES评分可预测较差的患者结局。研究结合六种空间组学平台与单细胞/单核RNA测序，利用患者来源异种移植模型的特征识别MES肿瘤细胞。
Bioinformatics (OUP)精选AI 评分6666 Serval 为成像型空间转录组提供模块化解码与基准评测框架
Serval 是用于开发和评测成像型空间转录组解码方法的模块化框架，其配套方法 CoSiD 在测试中提高了转录本检出量。CoSiD 通过优化与已知条形码的余弦相似度进行解码，在模拟和真实 MERFISH 数据上较基线方法获得更高的转录本检出量及与参考表达数据的相关性；扩展至 DART-FISH 后，还改善了聚类稳定性，并支持更直接地标注人类初级运动皮层等复杂生物结构。
推荐理由：将解码步骤拆分为可独立配置的模块，便于在不同空间转录组平台上比较算法，并结合模拟与真实数据评估解码表现。
Bioinformatics (OUP)AI 评分5858 STiLE 仅凭细胞质心坐标实现空间转录组组织芯片自动拆分
STiLE 是一种空间转录组组织芯片自动拆分工具，仅凭细胞质心坐标将细胞分配至各自组织芯，无需组织学图像。该算法结合连通分量检测、HDBSCAN 聚类、分量引导的聚类合并及可选网格峰值检测，在来自三种平台的七个公共组织芯片样本（50–150 个组织芯）上达到 ARI > 0.99，在含真实场景伪影的 396 个合成数据集上平均 ARI = 0.992。
Nature ProtocolsAI 评分1818 用于高空间分辨率多组学分子图谱绘制的组织膨胀质谱成像（TEMI）
组织膨胀质谱成像（TEMI）用于高空间分辨率多组学分子图谱绘制。页面正文未能加载，目前仅能从标题确认该技术及其用途，无法获取具体实验流程、性能指标或验证结果。