Alpha Spatial：语言引导的基于组织学图像的单细胞空间基因表达预测
Alpha Spatial通过语言引导，从组织学图像预测细胞级基因表达，表现优于所评估方法。匹配的生物学背景与多组织联合学习改善预测；在乳腺癌中，该框架重现了POSTN相关基质程序及HER2相关分子与空间差异。探索性患者分析显示，CXCL14相关空间状态的丰度与含曲妥珠单抗（trastuzumab）治疗无应答及更大残余浸润性肿瘤相关。
#单细胞
预印本 · 单细胞与空间组学AI 评分3939 预印本 · 单细胞与空间组学AI 评分3737 超越基因：通过通路分析解析长读长单细胞RNA测序中新型异构体的生物学背景
研究者开发计算框架CIPI，依据相似的细胞类型表达模式，为长读长单细胞RNA测序发现的新基因和异构体推断通路背景。该框架构建基于表达的邻域，结合GO、KEGG或Reactome通路分析，为新型异构体的研究优先级排序和功能假设生成提供依据。
Genome MedicineAI 评分4747 早期NOTCH1突变受到正向选择，但通过上位性作用抑制后续食管鳞状细胞癌驱动突变的演化
基于2171份样本的演化分析显示，NOTCH1突变在正常食管上皮克隆扩增中受到强烈正向选择，但并不驱动既有正常克隆的恶性进展。NOTCH1突变与TP53、RB1突变呈拮抗性上位作用，削弱了肿瘤演化过程中对后两者的选择，提示早期突变的作用取决于疾病阶段与突变背景。
预印本 · 单细胞与空间组学AI 评分4949 减轻基因型驱动的偏倚可改善图谱规模的单细胞DNA甲基化分析
在DNA甲基化定量和特征选择前屏蔽变异位点，可减少单细胞DNA甲基化分析中的基因型偏倚。研究使用10名遗传背景多样的健康个体的血液细胞核sciMET数据（25,674个细胞核），发现该策略减少聚类中的供者相关混杂及同类细胞内虚假的样本特异性差异甲基化区域，并改善批次混合与生物学变异保留。
Nature ProtocolsAI 评分4848 用于全基因组DNA甲基化分析的多重单细胞简化代表性亚硫酸氢盐测序
Nature Protocols刊载多重单细胞简化代表性亚硫酸氢盐测序（Msc-RRBS）实验方案，可并行分析数百个单细胞的DNA甲基化。该方案采用流程精简、可扩展的方法，用于全基因组DNA甲基化分析。
预印本 · 单细胞与空间组学AI 评分5151 HIV-1 Env 异源糖基化免疫原在小鼠中诱导跨分支中和反应
一项临床前研究显示，携带核心 α(1,3)-岩藻糖的 HIV-1 包膜糖蛋白（Env）免疫原在小鼠中诱导了跨分支中和抗体反应。研究采用 Hi5 昆虫细胞及共表达三种昆虫和植物来源岩藻糖基转移酶的工程化 CHO 细胞制备免疫原，晶体结构显示 Hi5 来源的 BG505 UFO 三聚体保留天然样 Env 架构与表位呈递。
Nature GeneticsAI 评分3434 人胰腺导管腺癌的克隆异质性及其对肿瘤进展的影响
研究利用胰腺导管腺癌肿瘤的单细胞RNA测序和空间转录组学，探究肿瘤异质性与克隆演化，为研究这一侵袭性癌症提供资源。研究在线发表于Nature Genetics，正文未提供具体样本量或主要结果。
预印本 · 单细胞与空间组学AI 评分3535 脉络丛整合多组学图谱揭示上皮功能的保守分子程序
研究整合小鼠和人类的八个单细胞或单核RNA测序数据集，构建跨物种脉络丛图谱，识别出涉及离子转运、屏障功能、纤毛发生及分泌信号的保守上皮基因程序。小鼠第四脑室脉络丛Visium HD空间转录组图谱验证了上皮模块；跨组织分析发现，脉络丛与视网膜色素上皮存在显著转录重叠。
预印本 · 单细胞与空间组学AI 评分6767 NetMap 联合从头推断细胞类型与基因调控网络
NetMap 将单细胞自编码器与可解释人工智能结合，联合推断细胞级基因调控网络，并按共享调控程序聚类细胞。
预印本 · 医学生信与数据分析AI 评分3838 基于DNA甲基化的细胞类型分辨率分化状态预测揭示年龄相关的表观遗传间充质漂移
研究者基于DNA甲基化数据构建机器学习预测工具EpiDiff，发现多种细胞的分化指数随年龄增加，并呈现以间充质谱系方向最突出的表观遗传漂移。该工具在单细胞、分选细胞、整体组织及体外实验中得到验证，应用于正常组织时可预测致癌暴露和癌症风险。
Genome MedicineAI 评分3939 衰老癌相关成纤维细胞分泌Tenascin-C促进高级别浆液性卵巢癌进展
体内外功能实验表明，衰老癌相关成纤维细胞分泌Tenascin-C（TNC），促进高级别浆液性卵巢癌进展。TNC通过激活肿瘤细胞SDC4-ERK信号诱导上皮间质转化，其表达受成纤维细胞内NF-κB调控。单细胞与空间转录组及临床样本分析构建的衰老成纤维细胞风险模型可预测不良生存结局。
预印本 · 单细胞与空间组学AI 评分4343 小鼠神经类器官扰动图谱解析大胶质细胞反应性并提出退行性变候选驱动因素
小鼠神经类器官单细胞扰动图谱揭示大胶质细胞的炎症反应状态，并识别出驱动其反应性及光感受器应激的gp130-STAT3信号。类器官覆盖多个脑区与视网膜，在一个月内呈现出生后神经元与大胶质细胞的转录组状态。针对13条Müller胶质细胞特异性通路的筛选显示，特定炎症细胞因子可诱导光感受器退行性变样应激程序。
Genome MedicineAI 评分1313 整合单细胞组学与生物样本库数据，发现近100个基因在脂肪细胞中表达的等位基因特异性效应
文章标题显示，整合单细胞组学与生物样本库数据发现了近100个基因在脂肪细胞中表达的等位基因特异性效应。正文仅显示网站加载失败提示，无法核实研究设计、样本量及具体结果。
ImmunityAI 评分4545 全球队列单细胞分析勾勒免疫衰老决定因素，并揭示GZMK+与GZMB+ Tem细胞比值与健康轨迹的关联
Terekhova等通过全球队列单细胞分析发现，CD8+ Tem细胞中GZMK+与GZMB+的比值可区分健康与疾病相关衰老轨迹，并预测死亡风险。研究整合8个数据集、2,609名个体及超过1200万个细胞，构建PBMC图谱，解析人类免疫衰老的可变与保守特征。
Cancer CellAI 评分4242 空间组学解析神经母细胞瘤的肾上腺素能与间充质细胞状态
Patel等在54例神经母细胞瘤肿瘤中识别出间充质（MES）肿瘤细胞，并发现较高MES评分可预测较差的患者结局。研究结合六种空间组学平台与单细胞/单核RNA测序，利用患者来源异种移植模型的特征识别MES肿瘤细胞。
Cell SystemsAI 评分3535 人类早期发育类囊胚模型的系统性转录组评估
Long等整合人类胚胎发育过程中的单细胞转录组构建参考图谱，并以互补指标评估四种类囊胚构建方案，发现模型间存在差异。差异涉及细胞身份、发育时序和谱系结构，为系统比较和优化类囊胚模型提供了依据。
Cell GenomicsAI 评分4242 九种哺乳动物的单细胞多组学揭示脑内细胞类型特异性的调控保守性
Anderson等比较九种哺乳动物的脑基因调控，发现增强子的保守性不仅体现于DNA序列，还涉及细胞类型特异性和靶基因。功能实验显示，古老及人类特异性调控元件均参与塑造脑生物学特征与神经系统疾病易感性。
Cell GenomicsAI 评分3434 通过跨物种比较提炼骨髓细胞类型特异性转录特征
研究者提出一种框架，通过筛选在多物种单细胞RNA测序数据中均保守的细胞类型特异性与表达，提炼精简的标志基因特征。来自四种小鼠的骨髓微环境及造血祖细胞特征，可在两种外群灵长类物种中稳健辨识细胞身份，捕捉高度保守且具有生物学意义的信息。
Nature ProtocolsAI 评分1111 Trace-n-Seq 将逆行荧光示踪与支配靶组织的外周神经元分选及单细胞测序相结合
Trace-n-Seq 将逆行荧光示踪、支配靶组织的外周神经元分选与单细胞测序相结合。页面正文未能加载，现有内容仅能确认标题所述方法，无法获取具体实验流程、样本量或验证结果。