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预印本 · 单细胞与空间组学· Zhang J, Cheng X, Wang J, Chen W, Chen H.·· 1 天前AI 评分50

Tracel 通过转录本重新分配统一空间转录组细胞分割

Unified cell segmentation for spatial transcriptomics via transcript reassignment

AI 导读

Tracel 是一种两阶段最优传输框架,借助匹配的单细胞 RNA 测序参考,将空间转录组观测值重新分配至细胞。该框架先对齐参考细胞与空间细胞,估计各细胞位置的预期表达谱,再据此分配转录本,适用于 Xenium、CosMx 的成像转录本及 Visium HD 的分箱计数。

来源:预印本 · 单细胞与空间组学 · doi.org