人类早期发育类囊胚模型的系统性转录组评估
Systematic transcriptomic evaluation of blastoid models of early human development.
一句话整合人类囊胚单细胞转录组建立参考图谱，用于评估不同类囊胚模型的细胞谱系保真度。
研究问题
数据与样本
分析流程
- 1参考数据整合：整合并整理体外培养不同发育时间点的离体人类囊胚单细胞转录组数据。
- 2参考图谱建立：构建涵盖人类囊胚细胞身份及谱系分化的参考图谱。
- 3模型保真度评估：以参考图谱评估不同细胞来源和生成方案所得类囊胚的谱系覆盖程度、真实性及分化进程。
关键方法与工具
- single-cell transcriptome
- 建立细胞身份与分化参考图谱
设计思路
主要发现
- 整合并整理离体人类囊胚单细胞转录组数据，建立了细胞身份和谱系分化参考图谱。
- 利用该参考图谱评估了多种类囊胚模型的细胞谱系覆盖程度、真实性及分化进程，摘要未报告具体模型的比较结果。
- 该参考图谱可用于类囊胚基准评估，并可能指导高保真度类囊胚生成方案的优化。
可借鉴之处
- 评价发育模型时，可借鉴本文先整合多个发育时间点建立参考图谱，再开展模型比较的设计。
- 模型保真度评价可同时考察谱系覆盖、细胞身份真实性和分化进程，而不仅比较细胞组成。
- 比较不同细胞来源和生成方案时，可采用同一参考框架开展评估，为方案优化提供依据。
数据与代码
摘要（中文翻译）
近期生成的干细胞来源类囊胚能够重现人类囊胚的结构和细胞组成，为阐明人类早期发育的生物学提供了实验模型。为评估类囊胚模拟人类囊胚的保真度，我们首先整合并整理了在体外培养不同发育时间点进行测定的离体囊胚单细胞转录组数据，建立了人类囊胚细胞身份和谱系分化的参考图谱。随后，我们利用该参考图谱，评估了采用不同细胞来源和方案生成的多种类囊胚模型的细胞谱系覆盖程度、真实性及谱系分化进程。本研究生成的参考图谱可用于类囊胚的基准评估，并可能指导生成方案的优化，以获得能够忠实重现天然人类囊胚的高保真度类囊胚模型。
英文原文摘要
Recent generation of stem-cell-derived blastoids that recapitulate the architecture and cellular constitution of the human blastocyst offers an experimental model for the elucidation of the biology of early human development. To evaluate the fidelity of the blastoids for modeling human blastocysts, we first established a reference map of cell identity and lineage differentiation of the human blastocysts through the integration and curation of single-cell transcriptome data of ex vivo blastocysts profiled at a range of developmental time points in culture. We next used this reference map to assess the coverage and the authenticity of cell lineages and the progression of lineage differentiation of various blastoid models generated with different cellular sources and protocols. The reference map generated from this study enables the benchmarking of blastoids that may guide the optimization of the protocol for the generation of high-fidelity blastoid models that faithfully recapitulate the natural human blastocyst.
摘要来自 PubMed。翻译与解读由模型根据摘要生成，可能有误，不构成诊疗建议；数据以原文为准，版权归原出版方所有。