LoL-align：灵敏且快速的概率性蛋白质结构比对
LoL-align: sensitive and fast probabilistic protein structure alignment.
一句话提出 LoL-align，以概率性结构比对提高远缘同源蛋白检测灵敏度与比对速度。
研究问题
数据与样本
分析流程
- 1结构信息建模：根据蛋白质内部的 Cα - Cα 距离，构建衡量蛋白质同源性的局部对数优势评分。
- 2比对优化：用 LoL-align 最大化局部对数优势评分。
- 3基准比较：在单结构域和多结构域基准上，与 TM-align 和 Dali 比较远缘同源蛋白检测灵敏度、比对质量和速度。
关键方法与工具
- LoL-align
- 概率性蛋白质结构比对
- TM-align
- 作为结构比对对照方法
- Dali
- 作为结构比对对照方法
- Foldseek
- 集成 LoL-align
设计思路
主要发现
- 在单结构域和多结构域基准上，LoL-align 检测远缘同源蛋白的灵敏度显著高于 TM-align 和 Dali。
- LoL-align 以 TM-align 和 Dali 的 5-20 × 速度获得更好的比对质量。
- LoL-align 已完全集成到 Foldseek 中。
可借鉴之处
- 评估结构比对方法时，可借鉴本文将单结构域与多结构域分别纳入基准评测的做法。
- 算法比较可同时报告检测灵敏度、比对质量和运行速度，避免仅凭速度或单一准确性指标判断性能。
数据与代码
摘要（中文翻译）
蛋白质结构的广泛可得，使得用更准确、更灵敏的结构比对算法替代序列比对成为可能。LoL-align 根据蛋白质内部的 Cα - Cα 距离，最大化衡量蛋白质同源性的局部对数优势评分。本文表明，在单结构域和多结构域基准评测中，LoL-align 检测远缘同源蛋白的灵敏度显著高于 TM-align 和 Dali，并以它们 5-20 × 的速度获得更好的比对质量。LoL-align 已完全集成到 Foldseek 中。
英文原文摘要
The ubiquitous availability of protein structures permits replacing sequence alignment with more accurate and sensitive structure alignment algorithms. LoL-align maximizes a local log-odds score for proteins to be homologous, given their intra-protein Cα - Cα distances. Here we show that LoL-align is markedly more sensitive in detecting remote homologs than TM-align and Dali on single- and multidomain benchmarks and achieves better alignment quality at 5-20 × their speed. LoL-align is fully integrated into Foldseek.
摘要来自 PubMed。翻译与解读由模型根据摘要生成，可能有误，不构成诊疗建议；数据以原文为准，版权归原出版方所有。