T细胞免疫监测：定量与表征人抗原特异性T细胞的传统及新型方法比较综述
Nature Protocols发表比较综述，分析用于抗原特异性T细胞临床表征的传统与前沿技术。综述比较这些技术的原理、应用、优势与局限，并强调检测方法协调统一与标准化的必要性。
#方法/工具
Nature ProtocolsAI 评分3636 Bioinformatics (OUP)AI 评分5858 STiLE 仅凭细胞质心坐标实现空间转录组组织芯片自动拆分
STiLE 是一种空间转录组组织芯片自动拆分工具，仅凭细胞质心坐标将细胞分配至各自组织芯，无需组织学图像。该算法结合连通分量检测、HDBSCAN 聚类、分量引导的聚类合并及可选网格峰值检测，在来自三种平台的七个公共组织芯片样本（50–150 个组织芯）上达到 ARI > 0.99，在含真实场景伪影的 396 个合成数据集上平均 ARI = 0.992。
Cell GenomicsAI 评分4141 RandomReadsMG：用于基准评测与实验设计的太碱基规模快速逼真宏基因组模拟
Bushnell、Schulz和Villada推出RandomReadsMG，可快速生成宏基因组测序数据集，模拟规模可达50,000个基因组的群落。该软件可控制群落丰度，模拟不均匀基因组覆盖及测序平台特异性读段属性，支持可重复的基准评测和病原体检测研究设计。
Bioinformatics (OUP)AI 评分3737 口袋对比学习与构象融合：受体构象变化下的稳健结构条件三维分子生成
一种结合口袋级对比学习与参考构象特征融合的三维分子生成框架，提高了受体构象变化下的生成稳健性。在CrossDocked2020及ASB-E、DUD-E、APObind数据集上，生成成功率、结构有效性及对接相关性能均有改善，交叉对接评估中尤为明显。推理时仅需单个口袋，无需参考构象。
Cell SystemsAI 评分3838 FLIGHTED：从含噪声的高通量实验数据中推断蛋白质适应度景观
Sundar等提出贝叶斯方法FLIGHTED，从含噪声的高通量实验数据中生成概率性蛋白质适应度景观，以处理适应度测量中的不确定性。该方法已应用于筛选实验和高通量碱基编辑实验，并改善了蛋白质适应度模型的表现。
Cell SystemsAI 评分3535 人类早期发育类囊胚模型的系统性转录组评估
Long等整合人类胚胎发育过程中的单细胞转录组构建参考图谱，并以互补指标评估四种类囊胚构建方案，发现模型间存在差异。差异涉及细胞身份、发育时序和谱系结构，为系统比较和优化类囊胚模型提供了依据。
Nature ProtocolsAI 评分3636 SIMworks：用于质量受控的增强定量结构光照明显微成像的集成软件套件
SIMworks是一套用于质量受控的增强定量结构光照明显微成像（SIM）的集成软件套件，支持落实SIM成像最佳实践。Nature Protocols刊载的内容面向初学者和有经验的用户。
Nature ProtocolsAI 评分3333 教程：利用类器官技术探究生物学问题
Nature Protocols刊载的教程概述了类器官技术在多种生物学及临床问题研究中的应用。内容涵盖细胞命运决定、细胞间相互作用，以及遗传性疾病、物种演化和临床问题的研究。
Nature ProtocolsAI 评分66 新方法学：用于识别抗纤维化化合物的药物筛选平台
该药物筛选平台旨在以新方法学识别抗纤维化化合物。当前页面正文加载失败，无法核实平台的具体方法、实验设计及筛选结果。
Cell GenomicsAI 评分3434 通过跨物种比较提炼骨髓细胞类型特异性转录特征
研究者提出一种框架，通过筛选在多物种单细胞RNA测序数据中均保守的细胞类型特异性与表达，提炼精简的标志基因特征。来自四种小鼠的骨髓微环境及造血祖细胞特征，可在两种外群灵长类物种中稳健辨识细胞身份，捕捉高度保守且具有生物学意义的信息。
Med (Cell Press)AI 评分4343 基于超声心动图的深度学习慢性肾脏病筛查
Yuan等开发并外部验证了一种深度学习模型，可利用超声心动图检测慢性肾脏病，为更早开展筛查提供潜在途径。慢性肾脏病的漏诊率超过60%，高危人群尚未常规接受筛查，该模型有望帮助弥补诊断缺口。
Cell SystemsAI 评分3535 用于功能性蛋白质设计的蛋白质语言模型采样
Darmawan等提出利用上位性相互作用的蛋白质语言模型多突变体采样策略，其设计在多种蛋白质适应度景观基准测试中优于标准单突变体方法。研究还提出综合计算评估框架，对相关性、质量和多样性评分，为蛋白质工程提供实践指导。
Cell SystemsAI 评分3636 通过多类器官系统模拟生理性吸收与代谢，评估抗肿瘤药物
Xiao等建立了整合肠道吸收、肝脏代谢和肿瘤反应的多类器官系统，用于评估抗肿瘤药物。该系统可捕捉单纯肿瘤培养所忽略的药物活化与失活过程，为预测药物疗效和毒性提供更符合生理情况的方法。