B细胞淋巴瘤跨平台整体转录组数据的2,234种协调方案比较:ComBat在跨批次预测质量上更优
一项涵盖7,174份B细胞淋巴瘤转录组的基准研究比较2,234种协调方案,ComBat家族在跨批次预测指标筛选的前112种方案中占84种。不同质量指标选出的最佳方案重叠有限,提示协调方案的优劣高度依赖评价指标,且各类指标之间存在权衡。
一项涵盖7,174份B细胞淋巴瘤转录组的基准研究比较2,234种协调方案,ComBat家族在跨批次预测指标筛选的前112种方案中占84种。不同质量指标选出的最佳方案重叠有限,提示协调方案的优劣高度依赖评价指标,且各类指标之间存在权衡。
研究者提出一种框架,通过筛选在多物种单细胞RNA测序数据中均保守的细胞类型特异性与表达,提炼精简的标志基因特征。来自四种小鼠的骨髓微环境及造血祖细胞特征,可在两种外群灵长类物种中稳健辨识细胞身份,捕捉高度保守且具有生物学意义的信息。