人源DCM-time machine揭示原始肠管分化过程中的细胞状态变化
研究者将DCM-time machine引入人诱导多能干细胞，解析其向定形内胚层及原始肠管分化时的基因与增强子活性动态。该系统以可在S期传递的DCM甲基化标记，实现全基因组转录活性的回溯追踪，并可整合转录因子网络与CpG甲基化谱。
#转录组
Genome BiologyAI 评分4141
预印本 · 单细胞与空间组学AI 评分3737 超越基因：通过通路分析解析长读长单细胞RNA测序中新型异构体的生物学背景
研究者开发计算框架CIPI，依据相似的细胞类型表达模式，为长读长单细胞RNA测序发现的新基因和异构体推断通路背景。该框架构建基于表达的邻域，结合GO、KEGG或Reactome通路分析，为新型异构体的研究优先级排序和功能假设生成提供依据。
预印本 · 单细胞与空间组学AI 评分4949 B细胞淋巴瘤跨平台整体转录组数据的2,234种协调方案比较：ComBat在跨批次预测质量上更优
一项涵盖7,174份B细胞淋巴瘤转录组的基准研究比较2,234种协调方案，ComBat家族在跨批次预测指标筛选的前112种方案中占84种。不同质量指标选出的最佳方案重叠有限，提示协调方案的优劣高度依赖评价指标，且各类指标之间存在权衡。
Genome BiologyAI 评分4444 哺乳动物早期神经发生中基因调控网络的动态景观：理解脑进化与疾病风险
研究团队构建了涵盖人、猕猴和小鼠24个神经发生谱系的基因调控网络资源，揭示跨物种、跨脑区的时序调控差异。实验为ILF2参与神经发生提供证据，疾病相关基因映射揭示了与30种神经系统疾病及性状相关的调控动态。该资源可通过交互式在线平台免费访问。
Cell · In PressAI 评分4343 长期运动的多组学图谱
研究构建了涵盖22种组织的长期运动多组学图谱，揭示全身转录组、表观遗传、蛋白质组及代谢层面的协同重塑。该图谱刻画了随组织、性别和时间变化的分子适应，以及骨骼肌中细胞类型特异性的表观遗传重塑。
预印本 · 单细胞与空间组学AI 评分4444 空间转录组学中的生物学与技术性空间变异
研究者开发了纳入爆发式转录模型的空间可变捕获模型，用于区分空间转录组学中的生物学变异与空间变化的技术噪声。该方法已实现为程序 stipple，演示结果表明其可用于识别和解释空间转录组学检测中的基因表达空间变异。
Nucleic Acids ResearchAI 评分4242 RiboBA：一种考虑偏倚的概率框架，用于跨多种核糖体测序方案稳健识别ORF
RiboBA通过建模核糖体测序中的实验方案诱导偏倚，提高非经典开放阅读框（ncORF）的识别能力。该框架结合生成模块与监督模块，从偏倚校正后的数据中识别翻译中的ORF及起始位点。模拟、多种实测数据及正交免疫肽组学证据支持其性能，优势在周期性减弱的RNase I文库及MNase、核酸酶P1数据中尤为明显。
预印本 · 单细胞与空间组学AI 评分6767 NetMap 联合从头推断细胞类型与基因调控网络
NetMap 将单细胞自编码器与可解释人工智能结合，联合推断细胞级基因调控网络，并按共享调控程序聚类细胞。
Bioinformatics (OUP)精选AI 评分6666 Serval 为成像型空间转录组提供模块化解码与基准评测框架
Serval 是用于开发和评测成像型空间转录组解码方法的模块化框架，其配套方法 CoSiD 在测试中提高了转录本检出量。CoSiD 通过优化与已知条形码的余弦相似度进行解码，在模拟和真实 MERFISH 数据上较基线方法获得更高的转录本检出量及与参考表达数据的相关性；扩展至 DART-FISH 后，还改善了聚类稳定性，并支持更直接地标注人类初级运动皮层等复杂生物结构。
推荐理由：将解码步骤拆分为可独立配置的模块，便于在不同空间转录组平台上比较算法，并结合模拟与真实数据评估解码表现。
Cell SystemsAI 评分3535 人类早期发育类囊胚模型的系统性转录组评估
Long等整合人类胚胎发育过程中的单细胞转录组构建参考图谱，并以互补指标评估四种类囊胚构建方案，发现模型间存在差异。差异涉及细胞身份、发育时序和谱系结构，为系统比较和优化类囊胚模型提供了依据。
Cell GenomicsAI 评分3434 通过跨物种比较提炼骨髓细胞类型特异性转录特征
研究者提出一种框架，通过筛选在多物种单细胞RNA测序数据中均保守的细胞类型特异性与表达，提炼精简的标志基因特征。来自四种小鼠的骨髓微环境及造血祖细胞特征，可在两种外群灵长类物种中稳健辨识细胞身份，捕捉高度保守且具有生物学意义的信息。