空间转录组学中的生物学与技术性空间变异
Biological and technical spatial variation in spatial transcriptomics
提出 stipple,将空间可变捕获纳入突发式转录模型,以区分生物学变异与空间技术噪声。
新的分析方法、软件、数据库与实验方案:解决什么问题、怎么用、和现有方法比怎样。
Biological and technical spatial variation in spatial transcriptomics
提出 stipple,将空间可变捕获纳入突发式转录模型,以区分生物学变异与空间技术噪声。
2,234 attempts to harmonize a multi-platform B-cell lymphoma bulk transcriptomic dataset: ComBat is superior by cross-batch prediction quality
比较 2,234 种转录组协调化方案,提出结合多类指标与跨批次测试选择方案的流程。
Attribute Network-based Ranking (ANeR) identifies conserved translational fingerprints of M-phase.
提出ANeR,整合异质双条件组学数据排序候选转录本,识别细胞分裂的保守翻译程序及调控因子。
Concurrent de novo inference of cell types and gene regulatory networks with NetMap
提出 NetMap,联合推断细胞级基因调控网络与细胞分群,减少对预先细胞注释的依赖。
Trace-n-Seq combines retrograde fluorescent tracing with sorting and single-cell sequencing of innervating peripheral neurons.
提出Trace-n-Seq,将逆行示踪、细胞分选与单细胞测序结合,解析特定组织的支配神经元。
Concentrating cell-type-specific transcriptional signatures in bone marrow from interspecies comparisons.
提出结合细胞类型特异性与转录水平保守性的策略,提炼可跨物种识别细胞身份的特征基因。