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10月15日周四
  1. Cell · In Press55

    467,152 名 UK Biobank 参与者的基因组分析绘制全表型结构变异图谱

    研究分析了 467,152 名 UK Biobank 参与者的基因组,绘制全表型结构变异图谱,提示结构变异是此前认识不足的重要疾病风险来源。结构变异指大于 50 个碱基对的 DNA 序列大规模变化,该资源揭示了与疾病相关的罕见及调控性结构变异,为理解人类生物学和药物开发提供线索。

  2. Genome Biology45

    短串联重复序列对人类前额叶皮质剪接变异的贡献

    对336份人类背外侧前额叶皮质样本的分析发现,51,343个短串联重复序列的拷贝数与邻近基因的可变剪接显著相关。研究通过三种精细定位策略筛出1,313个高置信度剪接相关重复序列;共定位分析提示,其中部分可能是阿尔茨海默病、精神分裂症等脑相关疾病的候选因果变异。

  3. Genome Medicine47

    早期NOTCH1突变受到正向选择,但通过上位性作用抑制后续食管鳞状细胞癌驱动突变的演化

    基于2171份样本的演化分析显示,NOTCH1突变在正常食管上皮克隆扩增中受到强烈正向选择,但并不驱动既有正常克隆的恶性进展。NOTCH1突变与TP53、RB1突变呈拮抗性上位作用,削弱了肿瘤演化过程中对后两者的选择,提示早期突变的作用取决于疾病阶段与突变背景。

  4. 预印本 · 医学生信与数据分析49

    人群队列中全外显子组罕见变异遗传负荷与认知、智力障碍及精神障碍相关

    ABCD和AoU人群队列研究显示,罕见蛋白截短变异遗传负荷与认知降低、自闭症谱系障碍、精神分裂症及智力障碍相关。研究纳入3,523名欧洲血统儿童和302,421名欧洲血统成人;儿童每多一个携带此类变异的典型受约束基因,认知低0.22 SD,自闭症谱系障碍OR为1.80。

  5. Cell · In Press38

    细胞自组织调控铁死亡传播

    细胞自组织通过耦合生化与生物物理特性,使原本各向同性、无边界的铁死亡传播具有方向性并局限于一定范围。局部细胞间相互作用形成决定铁死亡敏感或耐受命运的细胞模式,并建立细胞内脂质的极性组织,揭示了调控集体细胞命运的系统层面机制。

  6. 预印本 · 医学生信与数据分析42

    辅助模态未能在结构化EHR基础上改善COPD患者30天再入院预测的区分度或校准表现:经时间泄漏审查的MIMIC-IV队列证据

    MIMIC-IV队列研究显示,校正时间泄漏后,多模态融合未显著优于结构化EHR单独预测COPD患者30天全因再入院。研究纳入1,279例患者,EHR单独预测的ROC-AUC为0.63,其他模态单独预测为0.46-0.53。重新校准后,融合模型与EHR单独预测的Brier评分无显著差异。

  7. 预印本 · 医学生信与数据分析49

    早期胚胎基因表达程序广泛存在于癌症中,与生存的关联因胚胎发育阶段而异

    基于EmbryoRadar的大型癌症队列分析显示,早期胚胎基因表达程序广泛存在于人类肿瘤中,其与总生存期的关联因胚胎发育阶段而异。合子及2细胞胚胎阶段的转录相似性与更佳总生存期相关,滋养外胚层相关程序则与乳腺癌和黑色素瘤较差总生存期相关。细胞系依赖性数据提示,MYBL2和FOXM1可能是后类肿瘤的治疗靶点。

  8. 预印本 · 单细胞与空间组学51

    HIV-1 Env 异源糖基化免疫原在小鼠中诱导跨分支中和反应

    一项临床前研究显示,携带核心 α(1,3)-岩藻糖的 HIV-1 包膜糖蛋白(Env)免疫原在小鼠中诱导了跨分支中和抗体反应。研究采用 Hi5 昆虫细胞及共表达三种昆虫和植物来源岩藻糖基转移酶的工程化 CHO 细胞制备免疫原,晶体结构显示 Hi5 来源的 BG505 UFO 三聚体保留天然样 Env 架构与表位呈递。

10月14日周三
  1. The Lancet Infectious Diseases41

    通信:人类接种rVSVΔG-ZEBOV-GP疫苗后针对BDBV的交叉反应性T细胞应答

    该通信关注人类接种rVSVΔG-ZEBOV-GP疫苗后针对本迪布焦病毒(BDBV)的交叉反应性T细胞应答。刚果民主共和国当前BDBV暴发的确诊病例超过6000例,病死率为48%,尚无获批疫苗。rVSVΔG-ZEBOV-GP疫苗(Ervebo)对亲缘相关的埃博拉病毒(EBOV)具有较高保护效力。

10月13日周二
10月12日周一
  1. 预印本 · 单细胞与空间组学35

    脉络丛整合多组学图谱揭示上皮功能的保守分子程序

    研究整合小鼠和人类的八个单细胞或单核RNA测序数据集,构建跨物种脉络丛图谱,识别出涉及离子转运、屏障功能、纤毛发生及分泌信号的保守上皮基因程序。小鼠第四脑室脉络丛Visium HD空间转录组图谱验证了上皮模块;跨组织分析发现,脉络丛与视网膜色素上皮存在显著转录重叠。

  2. 预印本 · 医学生信与数据分析40

    基于遗传信息的患者聚类特征分析揭示炎症性肠病的遗传异质性

    研究在三个独立炎症性肠病队列中重复验证,NOD信号通路基因驱动的患者聚类与疾病亚型、克罗恩病行为及手术相关。分析基于全外显子组测序的GenePy评分和K-Means聚类,上述关联主要由NOD2驱动,并提示NLRP1等可能是其他遗传驱动因素。

10月11日周日
  1. Genome Medicine39

    衰老癌相关成纤维细胞分泌Tenascin-C促进高级别浆液性卵巢癌进展

    体内外功能实验表明,衰老癌相关成纤维细胞分泌Tenascin-C(TNC),促进高级别浆液性卵巢癌进展。TNC通过激活肿瘤细胞SDC4-ERK信号诱导上皮间质转化,其表达受成纤维细胞内NF-κB调控。单细胞与空间转录组及临床样本分析构建的衰老成纤维细胞风险模型可预测不良生存结局。

  2. 预印本 · 单细胞与空间组学43

    小鼠神经类器官扰动图谱解析大胶质细胞反应性并提出退行性变候选驱动因素

    小鼠神经类器官单细胞扰动图谱揭示大胶质细胞的炎症反应状态,并识别出驱动其反应性及光感受器应激的gp130-STAT3信号。类器官覆盖多个脑区与视网膜,在一个月内呈现出生后神经元与大胶质细胞的转录组状态。针对13条Müller胶质细胞特异性通路的筛选显示,特定炎症细胞因子可诱导光感受器退行性变样应激程序。

10月9日周五
  1. Cell Reports Medicine34

    母乳喂养及母体微生物储库与婴儿出生首年肠道噬菌体组发育相关

    Cabello-Yeves等对母婴配对样本开展纵向宏基因组分析,发现婴儿出生首年肠道噬菌体组逐渐多样化,并与喂养相关变量及母体微生物储库相关。持续存在的双歧杆菌噬菌体在早期群落中占主导,提示噬菌体可能与生命早期靶向微生物组的干预有关。