AmpliconSuite:分析癌症基因组局灶性扩增的端到端工作流
AmpliconSuite: an end-to-end workflow for analyzing focal amplifications in cancer genomes
提出 AmpliconSuite,从癌症全基因组测序中识别 ecDNA 等局灶性扩增模式。
新的分析方法、软件、数据库与实验方案:解决什么问题、怎么用、和现有方法比怎样。
AmpliconSuite: an end-to-end workflow for analyzing focal amplifications in cancer genomes
提出 AmpliconSuite,从癌症全基因组测序中识别 ecDNA 等局灶性扩增模式。
Structural variant detection across sequencing technologies.
提出 HitSV,实现多种测序技术下碱基分辨率的结构变异重建与基因分型。
Detecting low-allele-fraction mosaic mutations: A multi-institution benchmarking with cell-line mixtures.
建立细胞系混合物基准评测框架,为非癌组织低等位基因频率突变检测提供参考资源与最佳实践。
A pangenomic method for establishing a synthetic somatic variant resource in HapMap mixtures.
提出基于泛基因组图的体细胞变异基准构建方法,用于系统评估不同技术的变异检测能力。
CRISPR-HAWK: Haplotype- and Variant-Aware Guide Design Toolkit for CRISPR-Cas.
提出 CRISPR-HAWK,将个体及群体变异与单倍型纳入 gRNA 设计,识别参考基因组设计遗漏的差异。
Unraveling the lexicon of complex mutational phenomena in human cancers.
梳理癌症复杂突变现象的术语体系,厘清定义与机制歧义及其临床关联。