人源DCM-time machine揭示原始肠管分化过程中的细胞状态变化
研究者将DCM-time machine引入人诱导多能干细胞，解析其向定形内胚层及原始肠管分化时的基因与增强子活性动态。该系统以可在S期传递的DCM甲基化标记，实现全基因组转录活性的回溯追踪，并可整合转录因子网络与CpG甲基化谱。
#表观遗传
Genome BiologyAI 评分4141
Genome MedicineAI 评分4343 解码循环游离DNA中耦合的表观遗传与片段组学信号，用于可解释的癌症诊断
研究者开发FAME框架，仅用甲基化测序数据整合循环游离DNA甲基化与片段组学特征，用于癌症检测和组织来源预测。研究纳入2,018份健康对照及七类癌症样本，比较不同测序平台的片段组学信息保留情况，并扩展构建FAME-GW；所给正文未呈现诊断性能结果。
预印本 · 单细胞与空间组学AI 评分4949 减轻基因型驱动的偏倚可改善图谱规模的单细胞DNA甲基化分析
在DNA甲基化定量和特征选择前屏蔽变异位点，可减少单细胞DNA甲基化分析中的基因型偏倚。研究使用10名遗传背景多样的健康个体的血液细胞核sciMET数据（25,674个细胞核），发现该策略减少聚类中的供者相关混杂及同类细胞内虚假的样本特异性差异甲基化区域，并改善批次混合与生物学变异保留。
Cell · In PressAI 评分4343 长期运动的多组学图谱
研究构建了涵盖22种组织的长期运动多组学图谱，揭示全身转录组、表观遗传、蛋白质组及代谢层面的协同重塑。该图谱刻画了随组织、性别和时间变化的分子适应，以及骨骼肌中细胞类型特异性的表观遗传重塑。
Nature ProtocolsAI 评分4848 用于全基因组DNA甲基化分析的多重单细胞简化代表性亚硫酸氢盐测序
Nature Protocols刊载多重单细胞简化代表性亚硫酸氢盐测序（Msc-RRBS）实验方案，可并行分析数百个单细胞的DNA甲基化。该方案采用流程精简、可扩展的方法，用于全基因组DNA甲基化分析。
Med (Cell Press)AI 评分4242 肿瘤DNA甲基化亚型及CFISH表达水平预测免疫化疗疗效与总生存期
Fuchs等在LUD2015-005临床试验中发现，肿瘤DNA甲基化亚型和TMC相关五基因特征CFISH可预测食管癌患者免疫化疗后的总生存期。研究对73例患者的纵向、多部位组织或肿瘤样本进行了全面分子分析，患者在联合治疗前接受了4周免疫治疗预处理。
预印本 · 医学生信与数据分析AI 评分3838 基于DNA甲基化的细胞类型分辨率分化状态预测揭示年龄相关的表观遗传间充质漂移
研究者基于DNA甲基化数据构建机器学习预测工具EpiDiff，发现多种细胞的分化指数随年龄增加，并呈现以间充质谱系方向最突出的表观遗传漂移。该工具在单细胞、分选细胞、整体组织及体外实验中得到验证，应用于正常组织时可预测致癌暴露和癌症风险。
Cell MetabolismAI 评分3939 组蛋白乳酰化瘢痕沿肠肝轴传递代谢与表观遗传记忆
Dong等发现，溃疡性结肠炎缓解后仍持续存在糖酵解增强、保留H3K9la记忆的LCN2+巨噬细胞。在高脂饮食挑战下，这些细胞通过染色质重塑程序促进肠道向肝脏的炎症传递，增加脂肪性肝病易感性，为既往临床观察提供机制解释。
Cancer CellAI 评分3636 染色质可塑性与谱系重塑：当胃细胞身份转向酸性
Wang等在Cancer Cell揭示了易于发生致癌激活的癌前染色质状态，以及利用胃酸分泌逃避抗肿瘤免疫的假胃型亚型。这些发现提示，胃质子泵可能成为胃癌治疗的潜在靶点。
Cancer CellAI 评分4747 染色质可及性轨迹揭示癌前表观遗传预激状态及酸驱动的免疫治疗耐药胃癌亚型
Wang等构建650份胃组织样本的染色质可及性图谱，揭示化生中的癌样表观遗传预激状态及酸驱动的免疫治疗耐药胃癌亚型。晚期胃癌分为三种表观基因组亚型，其中拟胃型通过FOSL2驱动H+/K+ ATPase表达，使微环境酸化并抑制CD8+ T细胞；伏诺拉生（vonoprazan）可逆转这一表型。