Bioinformatics方法与工具变异感知向导RNA设计工具
CRISPR-HAWK：面向 CRISPR-Cas 的单倍型与变异感知向导设计工具包
CRISPR-HAWK: Haplotype- and Variant-Aware Guide Design Toolkit for CRISPR-Cas.
提出 CRISPR-HAWK，将个体及群体变异与单倍型纳入 gRNA 设计，识别参考基因组设计遗漏的差异。
文献解读
新的分析方法、软件、数据库与实验方案：解决什么问题、怎么用、和现有方法比怎样。
Science Translational Medicine方法与工具抗微生物药物耐药性策略综述
可持续抗微生物药物耐药性干预的创新路线图
Innovative roadmaps for sustainable antimicrobial resistance interventions.
提出整合商业模式、发现平台、基因组监测与临床试验的路线图，推动可持续耐药性干预。
Nucleic Acids Research方法与工具新算法开发与实验验证含方法全文
基于属性网络的排序方法（ANeR）识别M期保守的翻译指纹
Attribute Network-based Ranking (ANeR) identifies conserved translational fingerprints of M-phase.
提出ANeR，整合异质双条件组学数据排序候选转录本，识别细胞分裂的保守翻译程序及调控因子。
Nature Methods方法与工具光声分子成像探针开发
近红外光致变色微型蛋白实现急性炎症与细胞内抗原的光声分子成像
Near-infrared photochromic miniprotein enables photoacoustic molecular imaging of acute inflammation and intracellular antigens.
开发了微型光开关探针rsmiRFPnano，用于急性炎症与细胞内抗原的活体光声分子成像。
Nature Biotechnology方法与工具靶向递送平台开发与动物验证
利用配体导向脂质纳米颗粒在体内工程化改造CAR自然杀伤细胞用于免疫治疗
In vivo engineering of CAR natural killer cells for immunotherapy using ligand-directed lipid nanoparticles.
开发NK细胞靶向脂质纳米颗粒，实现体内CAR NK细胞工程化，并在小鼠疾病模型中验证。
预印本方法与工具概念瓶颈模型与基准评测
基于临床概念瓶颈模型的脑电图病理检测
EEG Pathology Detection via Clinical Concept Bottleneck Models
提出以临床脑电生物标志物为瓶颈的模型，并揭示预测准确率与概念保真度之间的权衡。
预印本方法与工具知识图谱整合策略基准评测含方法全文
理解知识图谱何时及如何为帕金森病、多发性硬化和慢性疼痛的电子健康记录临床预测增添价值
Understanding when and how knowledge graphs add value to EHR-based clinical prediction across Parkinson’s disease, multiple sclerosis, and chronic pain
比较知识图谱整合策略，发现队列子图可节省计算成本，但预测收益取决于疾病。
预印本方法与工具新算法与基准评测含方法全文
使用 NetMap 同时从头推断细胞类型与基因调控网络
Concurrent de novo inference of cell types and gene regulatory networks with NetMap
提出 NetMap，联合推断细胞级基因调控网络与细胞分群，减少对预先细胞注释的依赖。
Cell Reports Medicine方法与工具抗体与免疫检测方法开发
抗 HDGFL2 隐蔽蛋白抗体可灵敏反映 TDP-43 病理及临床疾病特征
Anti-HDGFL2 cryptic protein antibodies provide a sensitive readout of TDP-43 pathology and clinical disease features.
开发抗 HDGFL2-CE 抗体与灵敏免疫检测方法，用于反映 TDP-43 功能障碍及相关疾病特征。
Bioinformatics方法与工具开源工具开发与工作流演示
hpci 通过整合持续集成与高性能计算集群提高计算生物学研究的可重复性
hpci improves reproducibility of computational biology research by integrating Continuous Integration with High Performance Computing clusters.
开发了 hpci，连接持续集成平台与高性能计算集群，支持分析工作流的自动化测试。
Bioinformatics方法与工具新方法与模拟评估
FA-MFMR：通过因子增强处理相关纵向暴露的多变量函数型孟德尔随机化方法
FA-MFMR: a multivariable functional Mendelian randomization method that accounts for correlated longitudinal exposures via factor augmentation.
提出 FA-MFMR，用于估计多个相关纵向暴露的时变因果效应，并改善估计稳定性。
Bioinformatics方法与工具解码算法开发与基准评测
Serval：用于解码基于成像的空间转录组数据的模块化框架
Serval: a modular framework for decoding imaging based spatial transcriptomics data.
提出模块化解码框架 Serval 及 CoSiD 算法，支持跨平台基准评测并提高转录本检出。
Bioinformatics方法与工具软件库开发与基准评测
BioForge：用 Rust 编写的快速、安全的大分子结构准备库
BioForge: a fast and safe macromolecular structure preparation library in Rust.
提出 BioForge，为大分子结构提供不依赖特定力场的预处理，并支持浏览器部署和流程嵌入。
Bioinformatics方法与工具新工具开发与基准评测
STiLE：用于空间转录组学的自动化组织微阵列拆分工具
STiLE: automated tissue microarray dearraying for spatial transcriptomics.
提出仅依赖细胞质心坐标的STiLE，自动将空间转录组组织微阵列中的细胞分配至各组织芯。
Nature Protocols方法与工具免疫监测方法综述
T细胞免疫监测：定量与表征人抗原特异性T细胞的传统及新兴方法比较分析
T cell immunomonitoring: a comparative analysis of traditional and novel methods to quantify and characterize human antigen-specific T cells.
综述抗原特异性T细胞免疫监测技术，讨论方法互补、检测标准化及样本处理的重要性。
Bioinformatics方法与工具分子生成方法与基准评测
结合口袋对比学习与构象融合，实现受体构象变化下稳健的结构条件化3D分子生成
Pocket contrastive learning and conformation fusion for robust structure-conditioned 3D molecular generation under receptor conformational variation.
提出结合口袋对比学习与参考构象特征融合的3D分子生成框架，提高受体构象变化下的稳健性。
Cell Genomics方法与工具宏基因组模拟工具与基准评测
RandomReadsMG：用于基准评测与实验设计的快速、逼真的太碱基规模宏基因组模拟
RandomReadsMG: Rapid, realistic metagenome simulation at terabase scale for benchmarking and experimental design.
提出 RandomReadsMG，快速生成逼真的大规模宏基因组模拟数据，用于基准评测与研究设计。
Cell Systems方法与工具贝叶斯方法开发与基准评测
FLIGHTED：从含噪声的高通量实验数据推断适应度景观
FLIGHTED: Inferring fitness landscapes from noisy high-throughput experimental data.
提出 FLIGHTED，从含噪声的高通量实验构建概率性适应度景观，改善蛋白质适应度模型性能。
Nature Cancer方法与工具复杂突变现象术语综述
厘清人类癌症中复杂突变现象的术语体系
Unraveling the lexicon of complex mutational phenomena in human cancers.
梳理癌症复杂突变现象的术语体系，厘清定义与机制歧义及其临床关联。
Nature Protocols方法与工具抗纤维化药物筛选实验方案
新方法学：用于鉴定抗纤维化化合物的药物筛选平台
New approach methodologies: drug screening platform to identify antifibrotic compounds.
提出基于人iPS细胞的药物筛选平台，结合抗纤维化初筛与心脏毒性反筛。