Nature Methods方法与工具分析工具开发与验证
AmpliconSuite：分析癌症基因组局灶性扩增的端到端工作流
AmpliconSuite: an end-to-end workflow for analyzing focal amplifications in cancer genomes
提出 AmpliconSuite，从癌症全基因组测序中识别 ecDNA 等局灶性扩增模式。
文献解读
新的分析方法、软件、数据库与实验方案：解决什么问题、怎么用、和现有方法比怎样。
Nucleic Acids Research方法与工具结构基准数据集与算法评测
用于含核糖基修饰核酸及核酸–蛋白质复合物建模的 MODNAP 基准集：以 AlphaFold 3 为例
The MODNAP benchmark set for modeling ribose-based modified nucleic acid and nucleic acid-protein complexes: a case study with AlphaFold 3.
构建 MODNAP 基准集，评估修饰核酸结构预测，并揭示 AlphaFold 3 的局部定位与几何有效性问题。
Nucleic Acids Research方法与工具新概率框架与基准评测含方法全文
RiboBA：适用于多种核糖体测序实验方案、稳健识别开放阅读框的偏倚感知概率框架
RiboBA: a bias-aware probabilistic framework for robust ORF identification across diverse ribosome profiling protocols.
提出RiboBA，通过建模实验方案偏倚，改善周期性减弱的核糖体测序数据中的非经典ORF识别。
Nucleic Acids Research方法与工具新算法开发与实验验证含方法全文
基于属性网络的排序方法（ANeR）识别M期保守的翻译指纹
Attribute Network-based Ranking (ANeR) identifies conserved translational fingerprints of M-phase.
提出ANeR，整合异质双条件组学数据排序候选转录本，识别细胞分裂的保守翻译程序及调控因子。
预印本方法与工具知识图谱整合策略基准评测含方法全文
理解知识图谱何时及如何为帕金森病、多发性硬化和慢性疼痛的电子健康记录临床预测增添价值
Understanding when and how knowledge graphs add value to EHR-based clinical prediction across Parkinson’s disease, multiple sclerosis, and chronic pain
比较知识图谱整合策略，发现队列子图可节省计算成本，但预测收益取决于疾病。
Bioinformatics方法与工具分子生成方法与基准评测
结合口袋对比学习与构象融合，实现受体构象变化下稳健的结构条件化3D分子生成
Pocket contrastive learning and conformation fusion for robust structure-conditioned 3D molecular generation under receptor conformational variation.
提出结合口袋对比学习与参考构象特征融合的3D分子生成框架，提高受体构象变化下的稳健性。