预印本方法与工具空间转录组建模方法研究
空间转录组学中的生物学与技术性空间变异
Biological and technical spatial variation in spatial transcriptomics
提出 stipple，将空间可变捕获纳入突发式转录模型，以区分生物学变异与空间技术噪声。
文献解读
新的分析方法、软件、数据库与实验方案：解决什么问题、怎么用、和现有方法比怎样。
预印本方法与工具转录组协调化基准评测
对多平台 B 细胞淋巴瘤整体转录组数据集的 2,234 种协调化尝试：ComBat 的跨批次预测质量更优
2,234 attempts to harmonize a multi-platform B-cell lymphoma bulk transcriptomic dataset: ComBat is superior by cross-batch prediction quality
比较 2,234 种转录组协调化方案，提出结合多类指标与跨批次测试选择方案的流程。
预印本方法与工具多数据集模型基准评测
跨数据集分布偏移下深度学习胸部X线分类器的校准、不确定性与数据效率：多数据集基准评测
Calibration, Uncertainty, and Data Efficiency of Deep Learning Chest Radiograph Classifiers Under Cross-Dataset Distribution Shift: A Multi-Dataset Benchmark
开展胸部X线分类器跨数据集基准评测，显示源数据校准不能稳定迁移，判别能力提升不保证概率可靠。
Cell Genomics方法与工具泛基因组方法与变异基准资源
一种在 HapMap 混合样本中建立合成体细胞变异资源的泛基因组方法
A pangenomic method for establishing a synthetic somatic variant resource in HapMap mixtures.
提出基于泛基因组图的体细胞变异基准构建方法，用于系统评估不同技术的变异检测能力。
Cell Reports Medicine方法与工具离体功能平台开发与临床关联验证
利用常规临床活检的活肿瘤组织片段预测免疫治疗应答
Prediction of immunotherapy response using live tumor fragments from routine clinical biopsies.
开发常规活检活肿瘤片段平台，以8种细胞因子构建elive index，辅助预测免疫治疗应答。
Cell Systems方法与工具数学建模方法综述
CAR T细胞从代码到临床：围绕当前转化研究目标构建建模方法框架
CAR T cells from code to clinic: Framing modeling approaches with current translational research goals.
提出围绕CAR T治疗转化挑战组织建模方法的框架，为模型指导的细胞治疗设计提供路线图。
Nucleic Acids Research方法与工具新概率框架与基准评测含方法全文
RiboBA：适用于多种核糖体测序实验方案、稳健识别开放阅读框的偏倚感知概率框架
RiboBA: a bias-aware probabilistic framework for robust ORF identification across diverse ribosome profiling protocols.
提出RiboBA，通过建模实验方案偏倚，改善周期性减弱的核糖体测序数据中的非经典ORF识别。
预印本方法与工具知识图谱整合策略基准评测含方法全文
理解知识图谱何时及如何为帕金森病、多发性硬化和慢性疼痛的电子健康记录临床预测增添价值
Understanding when and how knowledge graphs add value to EHR-based clinical prediction across Parkinson’s disease, multiple sclerosis, and chronic pain
比较知识图谱整合策略，发现队列子图可节省计算成本，但预测收益取决于疾病。
Bioinformatics方法与工具新方法与模拟评估
FA-MFMR：通过因子增强处理相关纵向暴露的多变量函数型孟德尔随机化方法
FA-MFMR: a multivariable functional Mendelian randomization method that accounts for correlated longitudinal exposures via factor augmentation.
提出 FA-MFMR，用于估计多个相关纵向暴露的时变因果效应，并改善估计稳定性。
Cell Systems方法与工具贝叶斯方法开发与基准评测
FLIGHTED：从含噪声的高通量实验数据推断适应度景观
FLIGHTED: Inferring fitness landscapes from noisy high-throughput experimental data.
提出 FLIGHTED，从含噪声的高通量实验构建概率性适应度景观，改善蛋白质适应度模型性能。