妇科癌症与乳腺癌相关胚系结构变异揭示肿瘤突变负荷的多基因特征
妇科癌症与乳腺癌相关胚系结构变异研究揭示了肿瘤突变负荷的多基因特征。目前仅能获取标题,正文未能加载,无法核实研究设计、样本量、具体效应量及临床意义。
妇科癌症与乳腺癌相关胚系结构变异研究揭示了肿瘤突变负荷的多基因特征。目前仅能获取标题,正文未能加载,无法核实研究设计、样本量、具体效应量及临床意义。
OICR与哥本哈根大学共同牵头的研究发现,前列腺癌存在四种基因组亚型,其中两种与较高转移风险相关。研究发表于Nature Communications,分析近1,000个肿瘤的全基因组数据,97%的肿瘤携带至少一种已知或潜在驱动变异。近四分之一肿瘤存在现有抗癌药物的潜在靶点,临床应用仍需验证。
一项纳入中国128家临床遗传实验室的研究发现,13个胚系变异中仅6个获得总体分类一致,7个存在具有临床意义的跨类别分歧。研究采用涵盖五种临床情境的能力验证数据,发现实验室对APOB、LZTR1、MYH7和EPCAM变异常跨疾病沿用致病性判定,未充分考虑疾病机制、遗传模式或疾病特异性有效性,而两个GJB2变异的分类一致性明显较高。
Friedman等对100个复杂神经运动障碍家庭(108名儿童)开展三联体基因组测序,在53个家庭中发现了导致相应表型的遗传性疾病。除测序结果外,综合利用所有可获得的临床信息,是取得较高诊断率的重要因素。
一项系统综述整合人类死后脑组织转录组数据,发现自杀、双相障碍与重性抑郁障碍共有276个差异表达基因,同时存在疾病及脑区特异性特征。共有基因涉及细胞应激、缺氧、免疫炎症及补体激活等通路。自杀相关差异表达基因以下调为主,涉及金属离子稳态、应激反应、突触调节及昼夜节律通路。
研究分析了 467,152 名 UK Biobank 参与者的基因组,绘制全表型结构变异图谱,提示结构变异是此前认识不足的重要疾病风险来源。结构变异指大于 50 个碱基对的 DNA 序列大规模变化,该资源揭示了与疾病相关的罕见及调控性结构变异,为理解人类生物学和药物开发提供线索。
对336份人类背外侧前额叶皮质样本的分析发现,51,343个短串联重复序列的拷贝数与邻近基因的可变剪接显著相关。研究通过三种精细定位策略筛出1,313个高置信度剪接相关重复序列;共定位分析提示,其中部分可能是阿尔茨海默病、精神分裂症等脑相关疾病的候选因果变异。
基于2171份样本的演化分析显示,NOTCH1突变在正常食管上皮克隆扩增中受到强烈正向选择,但并不驱动既有正常克隆的恶性进展。NOTCH1突变与TP53、RB1突变呈拮抗性上位作用,削弱了肿瘤演化过程中对后两者的选择,提示早期突变的作用取决于疾病阶段与突变背景。
ABCD和AoU人群队列研究显示,罕见蛋白截短变异遗传负荷与认知降低、自闭症谱系障碍、精神分裂症及智力障碍相关。研究纳入3,523名欧洲血统儿童和302,421名欧洲血统成人;儿童每多一个携带此类变异的典型受约束基因,认知低0.22 SD,自闭症谱系障碍OR为1.80。
英格兰一项纳入1107名原发性线粒体病患者的全国数据关联队列研究显示,遗传诊断后10年生存率为80.3%(95% CI 76.9% to 83.7%),20年为58.9%(95% CI 49.6% to 70.0%)。
Costantino等发现,表型测量尺度的选择可改变全基因组关联研究(GWAS)的关联信号及多基因评分(PGS)与环境的交互作用结果。尺度选择还会影响PGS在特定亚组中的表现,但这一影响在现代研究中常被忽视。
Yao等识别出与胃癌相关、可重复的红细胞全基因组DNA特征,并构建可检出早期胃癌的分类器。该方法使用1–2 mL血液,在三个独立医院队列中表现一致,支持进一步开发用于胃癌无创检测的rbcDNA技术。
微核内的 ecDNA 限制肿瘤细胞适应性,并与患者较好的生存结局相关。研究结合癌细胞的单微核测序、活细胞成像及神经母细胞瘤患者活检样本分析,相关结果发表于 Nature Genetics。
研究在三个独立炎症性肠病队列中重复验证,NOD信号通路基因驱动的患者聚类与疾病亚型、克罗恩病行为及手术相关。分析基于全外显子组测序的GenePy评分和K-Means聚类,上述关联主要由NOD2驱动,并提示NLRP1等可能是其他遗传驱动因素。
Cabello-Yeves等对母婴配对样本开展纵向宏基因组分析,发现婴儿出生首年肠道噬菌体组逐渐多样化,并与喂养相关变量及母体微生物储库相关。持续存在的双歧杆菌噬菌体在早期群落中占主导,提示噬菌体可能与生命早期靶向微生物组的干预有关。
文章标题显示,整合单细胞组学与生物样本库数据发现了近100个基因在脂肪细胞中表达的等位基因特异性效应。正文仅显示网站加载失败提示,无法核实研究设计、样本量及具体结果。
热量限制可降低小鼠的体细胞突变负荷,这是原标题给出的核心结果。页面正文加载失败,未能获取研究设计、样本量、干预时长及效应量,无法进一步核实研究细节。
Lin和Li等发现,部分遗传变异仅在尼古丁、咖啡因或乙醇暴露后影响基因表达,其特征与疾病相关位点相似。研究采用分化中的人干细胞培养物,提示环境敏感的基因调控可能有助于解释人类遗传学研究中的关联信号。