跳到正文
10月15日周四
  1. ScienceDaily · Health & Medicine47

    一项47年随访研究揭示:人体体能通常从35岁左右开始下降

    瑞典卡罗林斯卡医学院的SPAF研究发现,体能和肌肉耐力通常从35岁左右开始下降,持续活跃者也不例外。研究对427名男女从16岁随访至63岁,发现有氧体能和肌肉耐力通常在26至36岁达到峰值。成年后增加身体活动与体能改善约5%至10%相关,但不能完全阻止随年龄增长而出现的体能下降。

  2. 预印本 · 医学生信与数据分析21

    重性抑郁障碍患者背外侧前额叶皮质GlycoRNA与小胶质细胞转录耦合减弱:基于交互作用的探索性计算分析

    一项探索性计算分析提示,重性抑郁障碍患者背外侧前额叶皮质的GlycoRNA与小胶质细胞转录耦合可能减弱,尚待验证。研究分析22名对照和26名患者的死后转录组数据,两组GlycoRNA相关及细胞类型特征均无显著差异。对照组GlycoRNA富集与小胶质细胞特征呈正相关(beta = 0.447,FDR校正P = 0.006)。

  3. Nucleic Acids Research50

    化学稳定化的长反义寡核苷酸扰乱RNA外切体功能

    研究发现,化学稳定化的长单链RNA药物可结合RNA外切体,并干扰其功能,伴随细胞活力下降。长度超过24个核苷酸的寡核苷酸可损害外切体功能,抑制作用对化学修饰的空间排列高度敏感。优化化学设计可使招募ADAR的寡核苷酸保留编辑活性,同时尽量减少对外切体的干扰。

  4. 预印本 · 单细胞与空间组学39

    Alpha Spatial:语言引导的基于组织学图像的单细胞空间基因表达预测

    Alpha Spatial通过语言引导,从组织学图像预测细胞级基因表达,表现优于所评估方法。匹配的生物学背景与多组织联合学习改善预测;在乳腺癌中,该框架重现了POSTN相关基质程序及HER2相关分子与空间差异。探索性患者分析显示,CXCL14相关空间状态的丰度与含曲妥珠单抗(trastuzumab)治疗无应答及更大残余浸润性肿瘤相关。

  5. Genome Biology53

    ROMET-RNA整合多种预测器与比对策略,改进RNA三维结构模型选择

    ROMET-RNA是一套开源自动化基准评测与元选择工具,在涵盖205条RNA的4个非冗余测试集上,选出的结构模型比单独使用各预测方法更准确。该框架统一评测11种RNA结构预测器及rMSA、RNAcmap3 MARS和Infernal RNAcentral三种多序列比对流程,结合基于TM-scoreRNA的结构相似性与深度学习统计势lociPARSE进行共识评分。

  6. 预印本 · 单细胞与空间组学32

    自杀、双相障碍与重性抑郁障碍中共有及特异的转录特征

    一项系统综述整合人类死后脑组织转录组数据,发现自杀、双相障碍与重性抑郁障碍共有276个差异表达基因,同时存在疾病及脑区特异性特征。共有基因涉及细胞应激、缺氧、免疫炎症及补体激活等通路。自杀相关差异表达基因以下调为主,涉及金属离子稳态、应激反应、突触调节及昼夜节律通路。

  7. Cell · In Press55

    467,152 名 UK Biobank 参与者的基因组分析绘制全表型结构变异图谱

    研究分析了 467,152 名 UK Biobank 参与者的基因组,绘制全表型结构变异图谱,提示结构变异是此前认识不足的重要疾病风险来源。结构变异指大于 50 个碱基对的 DNA 序列大规模变化,该资源揭示了与疾病相关的罕见及调控性结构变异,为理解人类生物学和药物开发提供线索。

  8. 预印本 · 单细胞与空间组学37

    超越基因:通过通路分析解析长读长单细胞RNA测序中新型异构体的生物学背景

    研究者开发计算框架CIPI,依据相似的细胞类型表达模式,为长读长单细胞RNA测序发现的新基因和异构体推断通路背景。该框架构建基于表达的邻域,结合GO、KEGG或Reactome通路分析,为新型异构体的研究优先级排序和功能假设生成提供依据。

  9. Genome Biology45

    短串联重复序列对人类前额叶皮质剪接变异的贡献

    对336份人类背外侧前额叶皮质样本的分析发现,51,343个短串联重复序列的拷贝数与邻近基因的可变剪接显著相关。研究通过三种精细定位策略筛出1,313个高置信度剪接相关重复序列;共定位分析提示,其中部分可能是阿尔茨海默病、精神分裂症等脑相关疾病的候选因果变异。

  10. 预印本 · 医学生信与数据分析43

    用于临床试验终点预测与前瞻性评估的 inClinico Agent

    inClinico Agent整合临床试验终点预测模型,疗效与安全性/毒性模型在测试集的AUROC分别为0.828和0.809。模型利用注册时特征预测I–IV期临床试验能否达到主要终点,以防范前瞻偏倚和结局泄漏。研究还建立纳入3,311项在研试验的ClinBench,供该系统与五个前沿大语言模型开展前瞻性评估。

  11. Genome Medicine47

    早期NOTCH1突变受到正向选择,但通过上位性作用抑制后续食管鳞状细胞癌驱动突变的演化

    基于2171份样本的演化分析显示,NOTCH1突变在正常食管上皮克隆扩增中受到强烈正向选择,但并不驱动既有正常克隆的恶性进展。NOTCH1突变与TP53、RB1突变呈拮抗性上位作用,削弱了肿瘤演化过程中对后两者的选择,提示早期突变的作用取决于疾病阶段与突变背景。

  12. Genome Biology36

    基于PacBio高保真测序的10种被子植物结构变异检测长读长比对与变异检出流程基准评估

    研究团队在10种被子植物中评估91种HiFi长读长结构变异检测流程,发现性能存在明显的流程间与物种间差异,缺失检测总体优于插入检测。大型结构变异及重复区域内变异的检测准确性明显下降,简单重复区域尤为突出。单个单倍型的F1评分在约15 ×覆盖深度时达到峰值。

  13. Genome Medicine43

    解码循环游离DNA中耦合的表观遗传与片段组学信号,用于可解释的癌症诊断

    研究者开发FAME框架,仅用甲基化测序数据整合循环游离DNA甲基化与片段组学特征,用于癌症检测和组织来源预测。研究纳入2,018份健康对照及七类癌症样本,比较不同测序平台的片段组学信息保留情况,并扩展构建FAME-GW;所给正文未呈现诊断性能结果。

  14. 预印本 · 医学生信与数据分析44

    深度学习预测胃癌微卫星不稳定性的诊断准确性:系统综述与荟萃分析

    一项纳入10项研究的系统综述与荟萃分析显示,深度学习基于H&E染色病理图像预测胃癌微卫星不稳定性具有良好诊断准确性。合并敏感度为0.78(95% CI 0.63–0.88),特异度为0.85(95% CI 0.77–0.90)。临床效用仍需标准化多中心、独立外部验证及前瞻性研究确认。

  15. 预印本 · 医学生信与数据分析49

    人群队列中全外显子组罕见变异遗传负荷与认知、智力障碍及精神障碍相关

    ABCD和AoU人群队列研究显示,罕见蛋白截短变异遗传负荷与认知降低、自闭症谱系障碍、精神分裂症及智力障碍相关。研究纳入3,523名欧洲血统儿童和302,421名欧洲血统成人;儿童每多一个携带此类变异的典型受约束基因,认知低0.22 SD,自闭症谱系障碍OR为1.80。

  16. 预印本 · 单细胞与空间组学49

    B细胞淋巴瘤跨平台整体转录组数据的2,234种协调方案比较:ComBat在跨批次预测质量上更优

    一项涵盖7,174份B细胞淋巴瘤转录组的基准研究比较2,234种协调方案,ComBat家族在跨批次预测指标筛选的前112种方案中占84种。不同质量指标选出的最佳方案重叠有限,提示协调方案的优劣高度依赖评价指标,且各类指标之间存在权衡。

  17. Genome Biology44

    哺乳动物早期神经发生中基因调控网络的动态景观:理解脑进化与疾病风险

    研究团队构建了涵盖人、猕猴和小鼠24个神经发生谱系的基因调控网络资源,揭示跨物种、跨脑区的时序调控差异。实验为ILF2参与神经发生提供证据,疾病相关基因映射揭示了与30种神经系统疾病及性状相关的调控动态。该资源可通过交互式在线平台免费访问。

  18. Cell · In Press38

    细胞自组织调控铁死亡传播

    细胞自组织通过耦合生化与生物物理特性,使原本各向同性、无边界的铁死亡传播具有方向性并局限于一定范围。局部细胞间相互作用形成决定铁死亡敏感或耐受命运的细胞模式,并建立细胞内脂质的极性组织,揭示了调控集体细胞命运的系统层面机制。

  19. Cell Genomics52

    低等位基因频率嵌合突变检测:基于细胞系混合样本的多机构基准评测

    Ha 等利用短读长和长读长全基因组测序,对低变异等位基因频率(VAF)嵌合突变的检测策略开展基准评测。研究使用五家机构生成的细胞系混合样本,以 PacBio HiFi 数据交叉验证基于 Illumina 的变异检出结果,构建分层参考集、界定实际检测限,并确立非癌组织低 VAF(<2%)变异全基因组分析的最佳实践。

  20. 预印本 · 单细胞与空间组学49

    减轻基因型驱动的偏倚可改善图谱规模的单细胞DNA甲基化分析

    在DNA甲基化定量和特征选择前屏蔽变异位点,可减少单细胞DNA甲基化分析中的基因型偏倚。研究使用10名遗传背景多样的健康个体的血液细胞核sciMET数据(25,674个细胞核),发现该策略减少聚类中的供者相关混杂及同类细胞内虚假的样本特异性差异甲基化区域,并改善批次混合与生物学变异保留。

  21. Cell · In Press43

    长期运动的多组学图谱

    研究构建了涵盖22种组织的长期运动多组学图谱,揭示全身转录组、表观遗传、蛋白质组及代谢层面的协同重塑。该图谱刻画了随组织、性别和时间变化的分子适应,以及骨骼肌中细胞类型特异性的表观遗传重塑。

  22. 预印本 · 单细胞与空间组学34

    骨肉瘤患者个体化新抗原疫苗接种后发现移码突变相关TCR:病例报告

    一例局部复发骨肉瘤患者接种个体化新抗原疫苗后,研究者发现了对含MAP2移码突变疫苗肽有反应的TCR。接种后,15种受测肽中12种诱导了T细胞反应,初步筛出的4种疫苗肽特异性TCR均受MHC II类限制。调整体外刺激培养条件后,另获得10种TCR,其中2种对含MAP2移码突变的疫苗肽有反应。

  23. 预印本 · 医学生信与数据分析42

    辅助模态未能在结构化EHR基础上改善COPD患者30天再入院预测的区分度或校准表现:经时间泄漏审查的MIMIC-IV队列证据

    MIMIC-IV队列研究显示,校正时间泄漏后,多模态融合未显著优于结构化EHR单独预测COPD患者30天全因再入院。研究纳入1,279例患者,EHR单独预测的ROC-AUC为0.63,其他模态单独预测为0.46-0.53。重新校准后,融合模型与EHR单独预测的Brier评分无显著差异。